### R code from vignette source 'pathVar.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: pathVar.Rnw:25-27 ################################################### options(width=80) library(pathVar) ################################################### ### code chunk number 2: pathVar.Rnw:87-91 ################################################### samp.id <- colnames(bock) cell.id <- character(length(samp.id)) cell.id[grep("hES", samp.id)] <- "esc" cell.id[grep("hiPS", samp.id)] <- "ips" ################################################### ### code chunk number 3: pathVar.Rnw:94-96 ################################################### qc.esc <- apply(bock[,cell.id == "esc"], 1, function(x,ct){ sum(x >= ct) }, ct=1) bock.esc <- bock[qc.esc >= .75*sum(cell.id == "esc"),] ################################################### ### code chunk number 4: pathVar.Rnw:100-103 ################################################### qc.ips <- apply(bock[,cell.id == "ips"], 1, function(x,ct){ sum(x >= ct) }, ct=1) bock.esc_ips <- bock[qc.esc >= .75*sum(cell.id == "esc") & qc.ips >= .75*sum(cell.id == "ips"),] ################################################### ### code chunk number 5: diagnostics ################################################### diagnosticsVarPlots(bock.esc) ################################################### ### code chunk number 6: pathVar.Rnw:138-139 ################################################### resOneSam=pathVarOneSample(bock.esc,pways.kegg,test="chisq",varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 7: pathVar.Rnw:142-143 ################################################### resOneSam@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 8: pathVar.Rnw:147-148 ################################################### resOneSam@NAPways[1:3] ################################################### ### code chunk number 9: pathVar.Rnw:152-153 ################################################### resOneSam@numOfClus ################################################### ### code chunk number 10: pathVar.Rnw:158-160 ################################################### intersect(names(resOneSam@genesInPway[["Staphylococcus aureus infection"]]), names(resOneSam@genesInPway[["Asthma"]])) ################################################### ### code chunk number 11: pathVar.Rnw:165-166 ################################################### sigOneSam=sigPway(resOneSam,0.05) ################################################### ### code chunk number 12: pathVar.Rnw:170-171 ################################################### sigOneSam@genesInSigPways1[1] ################################################### ### code chunk number 13: pathVar.Rnw:176-177 ################################################### names(which(unlist(lapply(sigOneSam@sigCatPerPway,function(x) 4%in% x)))) ################################################### ### code chunk number 14: hist_1 ################################################### plotPway(resOneSam,"ECM-receptor interaction",sigOneSam) ################################################### ### code chunk number 15: pathVar.Rnw:209-212 ################################################### grp=c(rep(1, sum(cell.id == "esc")), rep(2, sum(cell.id == "ips"))) set.seed(1) resTwoSam=pathVarTwoSamplesCont(bock.esc_ips,pways.kegg,groups=as.factor(grp),varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 16: pathVar.Rnw:215-216 ################################################### resTwoSam@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 17: pathVar.Rnw:220-223 ################################################### sigTwoSam=sigPway(resTwoSam,0.1) rbind(resTwoSam@var1[sigTwoSam@genesInSigPways1[["Oxidative phosphorylation"]]] ,resTwoSam@var2[sigTwoSam@genesInSigPways1[["Oxidative phosphorylation"]]])[,1:5] ################################################### ### code chunk number 18: dens_1 ################################################### plotPway(resTwoSam,"Oxidative phosphorylation",sigTwoSam) ################################################### ### code chunk number 19: pathVar.Rnw:239-241 ################################################### genes=getGenes(resTwoSam,"Oxidative phosphorylation",c(0.25,0.6)) setdiff(genes@genes1,genes@genes2) ################################################### ### code chunk number 20: pathVar.Rnw:260-262 ################################################### resTwoSamDisc=pathVarTwoSamplesDisc(bock.esc_ips,pways.kegg,groups=as.factor(grp), test="exact",varStat="sd") ################################################### ### code chunk number 21: pathVar.Rnw:265-266 ################################################### resTwoSamDisc@tablePway[1:3] ################################################### ### code chunk number 22: pathVar.Rnw:271-272 ################################################### sigTwoSamDisc=sigPway(resTwoSamDisc,0.01) ################################################### ### code chunk number 23: 2SamDisc_1 ################################################### plotPway(resTwoSamDisc,"Ribosome",sigTwoSamDisc)