### R code from vignette source 'mQTLUse.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: R ################################################### # Download raw data files library(mQTL.NMR) load_datafiles() format_mQTL(phenofile,genofile,physiodat,cleandat,cleangen) ################################################### ### code chunk number 3: R ################################################### # Constant Sum normalization nmeth<-'CS' normalise_mQTL(cleandat,CSnorm,nmeth) ################################################### ### code chunk number 4: R ################################################### align_mQTL(CSnorm,aligdat) ################################################### ### code chunk number 5: R ################################################### met="rectangle" # choose the statistical summarizing measure ("max","sum","trapez",...) pre_mQTL(aligdat, reducedF, RedMet="SRV",met, corrT=0.9) ################################################### ### code chunk number 6: R ################################################### results<- list() # a list to stock the mQTL mapping results nperm<- 0 # number of permutations if required results<-process_mQTL(reducedF, cleangen, nperm) ################################################### ### code chunk number 7: R ################################################### post_mQTL(results) ################################################### ### code chunk number 8: R ################################################### summary_mQTL(results,rectangle_SRV,T=8) ################################################### ### code chunk number 9: R ################################################### circle_mQTL(results, T=8,spacing=0) ################################################### ### code chunk number 10: mQTLUse.Rnw:134-136 ################################################### library("graphics") circle_mQTL(results, T=8,spacing=0) ################################################### ### code chunk number 11: R ################################################### simple.plot(file=aligdat,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="NMR profile") ################################################### ### code chunk number 12: mQTLUse.Rnw:155-156 ################################################### simple.plot(file=aligdat,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="NMR profile") ################################################### ### code chunk number 13: R ################################################### SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="Clusters plot") ################################################### ### code chunk number 14: mQTLUse.Rnw:165-166 ################################################### SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,lo=3.02,hi=3.08,k=1:60,title="Cluster plot") ################################################### ### code chunk number 15: R ################################################### Top_SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,results=results,met=met,intMeth="mean") ################################################### ### code chunk number 16: mQTLUse.Rnw:176-177 ################################################### Top_SRV.plot(file1=aligdat,file2=rectangle_SRV,results=results,met=met,intMeth="mean") ################################################### ### code chunk number 17: R ################################################### SRV_lod.plot(results,rectangle_SRV,T=1) ################################################### ### code chunk number 18: mQTLUse.Rnw:183-184 ################################################### SRV_lod.plot(results,rectangle_SRV,T=1) ################################################### ### code chunk number 19: mQTLUse.Rnw:196-197 ################################################### sessionInfo()