### R code from vignette source 'jmosaics.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### options(prompt = "R> ") ################################################### ### code chunk number 2: jmosaics-prelim ################################################### library("jmosaics") ################################################### ### code chunk number 3: toy example (eval = FALSE) ################################################### ## bin1_toy=readBins(type = c("chip","input"), ## fileName = c(system.file(file.path("extdata","h3k27me3_chip_chr10.txt"), ## package="jmosaics"), ## system.file(file.path("extdata","h3k27me3_input_chr10.txt"), ## package="jmosaics"))) ## bin2_toy <- readBins(type = c("chip","input"), ## fileName = c(system.file(file.path("extdata","h3k4me1_chip_chr10.txt"), ## package="jmosaics"), ## system.file(file.path("extdata","h3k4me1_input_chr10.txt"), ## package="jmosaics"))) ## origin_bin_toy=list(bin1_toy,bin2_toy) ################################################### ### code chunk number 4: loadTextData (eval = FALSE) ################################################### ## bin1_toy <- readBins(type = c("chip", "input"), ## fileName = c("h3k27me3_chip_chr10.txt", ## "h3k27me3_input_chr10.txt")) ## bin2_toy <- readBins(type = c("chip", "input"), ## fileName = c("h3k4me1_chip_chr10.txt", ## "h3k4me1_input_chr10.txt")) ## origin_bin_toy <- list(bin1_toy,bin2) ################################################### ### code chunk number 5: load data ################################################### data("jmosaics_example_data") ################################################### ### code chunk number 6: readBinsMultiple ################################################### bin<- readBinsMultiple(origin_bin) str(bin) ################################################### ### code chunk number 7: Fit by mosaics ################################################### fit1 <- mosaicsFit(bin[[1]], analysisType = "IO", bgEst="automatic") fit2 <- mosaicsFit(bin[[2]], analysisType = "IO", bgEst="automatic") ################################################### ### code chunk number 8: Create an input list for jmosaics ################################################### fit <- list(fit1, fit2) ################################################### ### code chunk number 9: jmosaicsPattern ################################################### result<-jmosaicsPattern(fit, region_length=1, FDR=0.05, thres=c(10,10), type=c('B', 'E', 'Pattern'), patternInfo='FALSE') ################################################### ### code chunk number 10: see all result ################################################### ################################################### ### code chunk number 11: see pattern result ################################################### id=which(result$Pattern[,2]==5018000) result$Pattern[id:(id+2),] ################################################### ### code chunk number 12: see E_layer result ################################################### id=which(result$E_LAYER[[1]][,2]==5018000) result$E_LAYER[[1]][id:(id+2),] id=which(result$E_LAYER[[2]][,2]==5018000) result$E_LAYER[[2]][id:(id+2),] ################################################### ### code chunk number 13: see B_layer result ################################################### id=which(result$B_LAYER[,2]==5018000) result$B_LAYER[id:(id+2),]