### R code from vignette source 'flipflop.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lib ################################################### library(flipflop) ################################################### ### code chunk number 2: data ################################################### data.file <- system.file(file.path('extdata', 'vignette-sam.txt'), package='flipflop') ################################################### ### code chunk number 3: estim ################################################### # The minimum number of clustered reads # to consider a cluster of reads as a gene (default 40): min.read <- 50 # The minimim number of spanning reads # to consider a valid junction min.junc=10 # The maximum number of isoforms given # during regularization path (default 10): max.iso <- 7 ff.res <- flipflop(data.file=data.file, out.file='FlipFlop_output.gtf', minReadNum=min.read, minJuncCount=min.junc, max_isoforms=max.iso) ################################################### ### code chunk number 4: names ################################################### names(ff.res) ################################################### ### code chunk number 5: output ################################################### transcripts <- ff.res$transcripts[[1]] abundancesFPKM <- ff.res$abundancesFPKM[[1]] expected.counts <- ff.res$expected.counts[[1]] print(transcripts) print(abundancesFPKM) print(expected.counts) ################################################### ### code chunk number 6: annot ################################################### annot.file <- system.file(file.path('extdata', 'vignette-annot.bed.txt'), package='flipflop') ################################################### ### code chunk number 7: estim_annot ################################################### ff.res.annot <- flipflop(data.file=data.file, out.file='FlipFlop_output.gtf', annot.file=annot.file) ################################################### ### code chunk number 8: output_annot ################################################### transcripts.annot <- ff.res.annot$transcripts[[1]] print(transcripts.annot) ################################################### ### code chunk number 9: GenomicFeatures ################################################### if(require(GenomicFeatures)){ txdb <- makeTxDbFromGFF(file='FlipFlop_output.gtf', format='gtf') # List of exons for each transcript: exonsBy(txdb, by='tx') } ################################################### ### code chunk number 10: sessionInfo ################################################### sessionInfo()