### R code from vignette source 'ensemblVEP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(ensemblVEP) ################################################### ### code chunk number 2: man_page (eval = FALSE) ################################################### ## ?ensemblVEP ## ?VEPParam ################################################### ### code chunk number 3: default_VEPParam ################################################### param <- VEPParam() param basic(param) ################################################### ### code chunk number 4: rtn_GRanges (eval = FALSE) ################################################### ## fl <- system.file("extdata", "gl_chr1.vcf", package="VariantAnnotation") ## gr <- ensemblVEP(fl) ################################################### ### code chunk number 5: structural_vcf ################################################### fl <- system.file("extdata", "structural.vcf", package="VariantAnnotation") ################################################### ### code chunk number 6: set_vcf ################################################### param <- VEPParam(dataformat=c(vcf=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 7: set_format ################################################### input(param)$format <- "vcf" ################################################### ### code chunk number 8: rtn_VCF ################################################### vep <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 9: rtn_VCF ################################################### info(vep)$CSQ ################################################### ### code chunk number 10: parseCSQToGRanges ################################################### vcf <- readVcf(fl, "hg19") csq <- parseCSQToGRanges(vep, VCFRowID=rownames(vcf)) head(csq, 3) ################################################### ### code chunk number 11: map_rownames ################################################### vcf[csq$"VCFRowID"] ################################################### ### code chunk number 12: output_file_default ################################################### input(param)$output_file ################################################### ### code chunk number 13: output_file_filename ################################################### input(param)$output_file <- "/mypath/myfile" ################################################### ### code chunk number 14: ouput_slot ################################################### ## Write a vcf file to myfile.vcf: myparam <- VEPParam(dataformat=c(vcf=TRUE), input=c(output_file="/path/myfile.vcf")) ## Write a gvf file to myfile.gvf: myparam <- VEPParam(dataformat=c(gvf=TRUE), input=c(output_file="/path/myfile.gvf")) ## Write a tab delimited file to myfile.txt: myparam <- VEPParam(input=c(output_file="/path/myfile.txt")) ################################################### ### code chunk number 15: samplefile ################################################### fl <- system.file("extdata", "ex2.vcf", package="VariantAnnotation") ################################################### ### code chunk number 16: runtime1 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPParam(output=c(regulatory=TRUE)) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 17: runtime2 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPParam(input=c(format="vcf"), ## output=c(terms="so"), ## identifiers=c(symbol=TRUE)) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 18: runtime3 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPParam(filterqc=c(coding_only=TRUE), ## colocatedVariants=c(check_existing=TRUE), ## identifiers=c(symbol=TRUE)) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 19: sessionInfo ################################################### sessionInfo()