### R code from vignette source 'deltaGseg.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: deltaGseg.Rnw:20-22 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("deltaGseg") ################################################### ### code chunk number 2: loadingPackage ################################################### library(deltaGseg) ################################################### ### code chunk number 3: deltaGseg.Rnw:33-34 ################################################### data(deltaGseg) ################################################### ### code chunk number 4: loading-trajectories ################################################### dir<-system.file("extdata",package="deltaGseg") traj1<-parseTraj(path=dir, files=c("D_GBTOT1","D_GBTOT2","D_GBTOT3")) ################################################### ### code chunk number 5: test ################################################### traj1 ################################################### ### code chunk number 6: plottraj1 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(traj1,name='all') ################################################### ### code chunk number 7: traj1 ################################################### traj1.tr<-transformSeries(object=traj1,method='splitting',breakpoints=1) traj1.tr ################################################### ### code chunk number 8: figure1 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(traj1.tr) ################################################### ### code chunk number 9: breakpoints ################################################### all_breakpoints<-splitTraj(traj1,segsplits=c(5,5,5)) all_breakpoints ################################################### ### code chunk number 10: plot-breakpoints (eval = FALSE) ################################################### ## plot(traj1,breakpoints=all_breakpoints) ################################################### ### code chunk number 11: mybreaks ################################################### mybreaks<-chooseBreaks(all_breakpoints,numbreaks=3) mybreaks ################################################### ### code chunk number 12: transform ################################################### traj1.sp.tr<-transformSeries(object=traj1,method='override_splitting',breakpoints=mybreaks) traj1.sp.tr ################################################### ### code chunk number 13: plot-denoise (eval = FALSE) ################################################### ## traj1.denoise<-denoiseSegments(object=traj1.tr,seg_method="SegNeigh",maxQ=15,fn=1,factor=0.8,thresh_level=TRUE,minobs=200) ################################################### ### code chunk number 14: pvals (eval = FALSE) ################################################### ## pvals<-clusterPV(object=traj1.denoise,bootstrap=500) ################################################### ### code chunk number 15: clusterPV (eval = FALSE) ################################################### ## traj1.ss<-clusterSegments(object=traj1.denoise,intervention = "pvclust",pv=pvals) ## ##Segment grouping. Click on the root of the groups you want clustered. ## ##Please ensure that ALL segments are grouped (boxed). ## ##Otherwise, function will not exit. ## ##To exit, click Esc (Windows/Linux) or Ctrl-click (Mac) ################################################### ### code chunk number 16: deltaGseg.Rnw:133-134 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(traj1.ss) ################################################### ### code chunk number 17: getIntervals ################################################### getIntervals(traj1.ss) ################################################### ### code chunk number 18: deltaGseg.Rnw:152-153 (eval = FALSE) ################################################### ## diagnosticPlots(object=traj1.ss,norm.test="KS",single.series=TRUE) ################################################### ### code chunk number 19: deltaGseg.Rnw:162-169 ################################################### x<-getTraj(traj1.tr)[['D_GBTOT3_1']] y<-x[,2]-35; y1<-y[1:2000]; y2<-y[2001:length(y)]+17 ss<-c(seq(50,length(y2),100),length(y2)) for(i in 1:(length(ss)-1)) y2[ss[i]:ss[(i+1)]]<-y2[ss[i]:ss[(i+1)]]+i^1.85 y<-cbind(x[,1],c(y1,y2)) simtraj<-parseTraj(files=list(y),fromfile=FALSE) simtraj ################################################### ### code chunk number 20: deltaGseg.Rnw:172-173 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(simtraj) ################################################### ### code chunk number 21: deltaGseg.Rnw:184-186 ################################################### simtraj.tr<-transformSeries(object=simtraj,method='splitting',breakpoints=1) simtraj.tr ################################################### ### code chunk number 22: deltaGseg.Rnw:188-189 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(simtraj.tr) ################################################### ### code chunk number 23: deltaGseg.Rnw:199-201 (eval = FALSE) ################################################### ## simtraj.tr2<-transformSeries(object=simtraj.tr,method='differentiation') ## simtraj.tr2 ################################################### ### code chunk number 24: deltaGseg.Rnw:203-204 (eval = FALSE) ################################################### ## plotDiff(simtraj.tr2,name="1_2") ################################################### ### code chunk number 25: deltaGseg.Rnw:229-230 ################################################### sessionInfo()