### R code from vignette source 'casper.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: process1 ################################################### library(casper) data(K562.r1l1) names(K562.r1l1) data(hg19DB) hg19DB head(sapply(hg19DB@transcripts,length)) ################################################### ### code chunk number 2: process2 ################################################### bam0 <- rmShortInserts(K562.r1l1, isizeMin=100) distrs <- getDistrs(hg19DB,bam=bam0,readLength=75) ################################################### ### code chunk number 3: plotprocess1 ################################################### plot(distrs, "fragLength") ################################################### ### code chunk number 4: plotprocess2 ################################################### plot(distrs, "readSt") ################################################### ### code chunk number 5: plotprocess1 ################################################### plot(distrs, "fragLength") ################################################### ### code chunk number 6: plotprocess2 ################################################### plot(distrs, "readSt") ################################################### ### code chunk number 7: procBam ################################################### pbam0 <- procBam(bam0) pbam0 head(getReads(pbam0)) ################################################### ### code chunk number 8: pathCounts ################################################### pc <- pathCounts(pbam0, DB=hg19DB) pc head(pc@counts[[1]]) ################################################### ### code chunk number 9: calcExp ################################################### eset <- calcExp(distrs=distrs, genomeDB=hg19DB, pc=pc, readLength=75, rpkm=FALSE) eset head(exprs(eset)) head(fData(eset)) ################################################### ### code chunk number 10: relIsoformExpr ################################################### eset <- calcExp(distrs=distrs, genomeDB=hg19DB, pc=pc, readLength=75, rpkm=TRUE) head(exprs(eset)) ################################################### ### code chunk number 11: plot1 ################################################### transcripts(hg19DB) tx <- transcripts(hg19DB, txid='NM_005158') tx getChr(txid='NM_005158',genomeDB=hg19DB) islandid <- getIsland(txid='NM_005158',genomeDB=hg19DB) islandid transcripts(hg19DB, islandid=islandid) getChr(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB) ################################################### ### code chunk number 12: plot2 ################################################### genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB) ################################################### ### code chunk number 13: plot2 ################################################### genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB) ################################################### ### code chunk number 14: plot3 ################################################### genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB,reads=pbam0,exp=eset) ################################################### ### code chunk number 15: plot3 ################################################### genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB,reads=pbam0,exp=eset)