### R code from vignette source 'biosvd.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: yeast_data_import ################################################### library(biosvd) data(YeastData_alpha) colnames(pData(YeastData))[match("Cell.cycle.stage", colnames(pData(YeastData)))] <- "Cellcycle.sample" colnames(fData(YeastData))[match("Cell.cycle.stage", colnames(fData(YeastData)))] <- "Cellcycle.gene" YeastData ################################################### ### code chunk number 2: yeast_compute_eigensystem_data ################################################### eigensystem <- compute(YeastData) ################################################### ### code chunk number 3: EigensystemPlotParam ################################################### params <- new("EigensystemPlotParam") params ################################################### ### code chunk number 4: yeast_plot_eigensystem_data_fraction ################################################### fractions(eigensystem)[[1]] plots(params) <- "fraction" figure(params) <- TRUE prefix(params) <- "YeastData" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 5: yeast_plot_eigensystem_data_lines ################################################### plots(params) <- "allLines" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 6: yeast_plot_eigensystem_data_heatmap ################################################### plots(params) <- "eigenfeatureHeatmap" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 7: yeast_remove_eigenfeature_data ################################################### eigensystem <- exclude(eigensystem,excludeEigenfeatures=c(1,2,8,10:18)) ################################################### ### code chunk number 8: yeast_compute_eigensystem_variance ################################################### eigensystem <- compute(eigensystem, apply='variance') entropy(eigensystem) fractions(eigensystem)[[1]] plots(params) <- "lines" plot(eigensystem, params) eigensystem <- exclude(eigensystem, excludeEigenfeatures=1) ################################################### ### code chunk number 9: yeast_polarplot_assays ################################################### assayColorMap(params) <- list(Cellcycle.sample=NA) plots(params) <- "eigenassayPolar" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 10: yeast_polarplot_features ################################################### featureColorMap(params) <- list(Cellcycle.gene=NA) plots(params) <- "eigenfeaturePolar" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 11: yeast_generate_report ################################################### fractions(eigensystem)[c(1,2)] report(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 12: yeast_sorted_heatmap ################################################### plots(params) <- "sortedHeatmap" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 13: hela_compute_eigensystem_data ################################################### data(HeLaData_exp_DoubleThym_2) colnames(pData(HeLaData))[match("Cell.cycle.stage", colnames(pData(HeLaData)))] <- "Cellcycle.sample" colnames(fData(HeLaData))[match("Cell.cycle.stage", colnames(fData(HeLaData)))] <- "Cellcycle.gene" HeLaData eigensystem <- compute(HeLaData) fractions(eigensystem)[[1]] entropy(eigensystem) params <- new("EigensystemPlotParam") plots(params) <- "allLines" figure(params) <- TRUE plot(eigensystem, params) eigensystem <- exclude(eigensystem,excludeEigenfeature=c(1,7,10:12)) ################################################### ### code chunk number 14: hela_compute_eigensystem_variance ################################################### eigensystem <- compute(eigensystem, apply='variance') entropy(eigensystem) fractions(eigensystem)[[1]] plots(params) <- c("eigenfeatureHeatmap", "fraction", "lines") figure(params) <- FALSE prefix(params) <- "HeLaData" plot(eigensystem, params) eigensystem <- exclude(eigensystem, excludeEigenfeatures=1) ################################################### ### code chunk number 15: hela_generate_report ################################################### report(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 16: hela_eigenassay_polar ################################################### cellcycle.col.map <- c("orange2", "darkgreen", "blue2", "red2") names(cellcycle.col.map) <- c("S", "G2", "M", "G1") assayColorMap(params) <- list(Cellcycle.sample=cellcycle.col.map) plots(params) <- "eigenassayPolar" figure(params) <- TRUE plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 17: hela_eigenfeature_polar ################################################### cellcycle.col.map <- c("orange2", "darkgreen", "blue3", "magenta3", "red3") names(cellcycle.col.map) <- c("S", "G2", "G2/M", "M/G1", "G1/S") featureColorMap(params) <- list(Cellcycle.gene=cellcycle.col.map) plots(params) <- "eigenfeaturePolar" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 18: hela_sorted_heatmap ################################################### plots(params) <- "sortedHeatmap" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 19: starvation_compute_eigensystem_data ################################################### data(StarvationData) StarvationData eigensystem <- compute(StarvationData) fractions(eigensystem)[c(1,2)] params <- new("EigensystemPlotParam") plots(params) <- c("fraction") figure(params) <- TRUE prefix(params) <- "StarvationData" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 20: starvation_plot_eigensystem_1 ################################################### plots(params) <- "lines" plot(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 21: starvation_plot_eigensystem_2 ################################################### plots(params) <- "allLines" plot(eigensystem, params) eigensystem <- exclude(eigensystem,excludeEigenfeature=c(1,11,12,14:24)) ################################################### ### code chunk number 22: starvation_compute_eigensystem_variance ################################################### eigensystem <- compute(eigensystem, apply='variance') plots(params) <- "lines" plot(eigensystem, params) eigensystem <- exclude(eigensystem, excludeEigenfeatures=0) ################################################### ### code chunk number 23: starvation_generate_report ################################################### report(eigensystem, params) plots(params) <- "sortedHeatmap" assayColorMap(params) <- list(Species=NA) plot(eigensystem, params) whichPolarAxes(params) <- c(4,3) prefix(params) <- "StarvationData34" report(eigensystem, params) ################################################### ### code chunk number 24: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)