### R code from vignette source 'RDavidWS-vignette.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: General R options for Sweave ################################################### options(prompt="R> ", continue="+ ", width=70, useFancyQuotes=FALSE, digits=4) ################################################### ### code chunk number 2: Loading library ################################################### suppressMessages(library("RDAVIDWebService")) ################################################### ### code chunk number 3: TermCluster1 ################################################### library("RDAVIDWebService") fileName<-system.file("files/termClusterReport1.tab.tar.gz", package="RDAVIDWebService") untar(fileName) termCluster<-DAVIDTermCluster(untar(fileName, list=TRUE)) termCluster head(summary(termCluster)) ################################################### ### code chunk number 4: plot2Dview ################################################### clustNumber<-2 plot2D(termCluster, clustNumber) ################################################### ### code chunk number 5: plotGO ################################################### davidGODag<-DAVIDGODag(members(termCluster)[[clustNumber]], pvalueCutoff=0.1, "CC") plotGOTermGraph(g=goDag(davidGODag), r=davidGODag, max.nchar=40, node.shape="ellipse") ################################################### ### code chunk number 6: Session Info ################################################### sessionInfo()