### R code from vignette source 'Manual.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Manual.Rnw:29-33 ################################################### library("HDTD") data(VEGFmouse) dim(VEGFmouse) rownames(VEGFmouse) ################################################### ### code chunk number 2: Manual.Rnw:36-37 ################################################### colnames(VEGFmouse)[1:18] ################################################### ### code chunk number 3: Manual.Rnw:42-43 ################################################### meanmat.ts(VEGFmouse,40,group.sizes=9,voi="columns") ################################################### ### code chunk number 4: Manual.Rnw:46-49 ################################################### colnames(VEGFmouse)[1:9] VEGForder <- orderdata(VEGFmouse,40,order.cols=c(1,4,5,8,2,3,6,7,9)) colnames(VEGForder)[1:9] ################################################### ### code chunk number 5: Manual.Rnw:52-53 ################################################### meanmat.ts(VEGForder,40,group.sizes=c(4,1,1,1,1,1),voi="columns") ################################################### ### code chunk number 6: Manual.Rnw:57-59 ################################################### sample.mean <- meanmat.hat(VEGFmouse,40) sample.mean ################################################### ### code chunk number 7: Manual.Rnw:62-63 ################################################### head(round(sample.mean$estmeanmat,4),n=10) ################################################### ### code chunk number 8: Manual.Rnw:67-69 ################################################### estcovmat <- covmat.hat(datamat = VEGFmouse, N = 40, shrink = "both", centered = FALSE) estcovmat ################################################### ### code chunk number 9: Manual.Rnw:72-73 ################################################### round(estcovmat$cols.covmat,4) ################################################### ### code chunk number 10: Manual.Rnw:76-77 ################################################### covmat.ts(datamat = VEGFmouse, N = 40, voi = "columns", centered = FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: Manual.Rnw:81-82 ################################################### citation("HDTD") ################################################### ### code chunk number 12: Manual.Rnw:85-86 ################################################### sessionInfo()