### R code from vignette source 'CexoR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: setup ################################################### options(width=200) options(continue=" ") options(prompt="R> ") ################################################### ### code chunk number 3: Call reproducible peak-pairs in ChIP-exo replicates ################################################### options(width=60) ## hg19. chr2:1-1,000,000 owd <- setwd(tempdir()) library(CexoR) rep1 <- "CTCF_rep1_chr2_1-1e6.bam" rep2 <- "CTCF_rep2_chr2_1-1e6.bam" rep3 <- "CTCF_rep3_chr2_1-1e6.bam" r1 <- system.file("extdata", rep1, package="CexoR",mustWork = TRUE) r2 <- system.file("extdata", rep2, package="CexoR",mustWork = TRUE) r3 <- system.file("extdata", rep3, package="CexoR",mustWork = TRUE) peak_pairs <- cexor(bam=c(r1,r2,r3), chrN="chr2", chrL=1e6, idr=0.01, N=3e4) peak_pairs$bindingEvents peak_pairs$bindingCentres setwd(owd) ################################################### ### code chunk number 4: Visualisation of ChIP-exo replicates ################################################### options(width=60) plotcexor(bam=c(r1,r2,r3), peaks=peak_pairs, EXT=500) ################################################### ### code chunk number 5: sessionInfo ################################################### sessionInfo()