### R code from vignette source 'tutorial.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: tutorial.Rnw:19-20 ################################################### library(BridgeDbR) ################################################### ### code chunk number 2: tutorial.Rnw:43-45 ################################################### code = getOrganismCode("Rattus norvegicus") code ################################################### ### code chunk number 3: tutorial.Rnw:58-62 ################################################### fullName <- getFullName("Ce") fullName code <- getSystemCode("ChEBI") code ################################################### ### code chunk number 4: tutorial.Rnw:71-73 ################################################### getMatchingSources("HMDB00555") getMatchingSources("ENSG00000100030") ################################################### ### code chunk number 5: tutorial.Rnw:83-84 ################################################### getBridgeNames() ################################################### ### code chunk number 6: tutorial.Rnw:93-94 (eval = FALSE) ################################################### ## dbLocation <- getDatabase("Rattus norvegicus",location=getwd()) ################################################### ### code chunk number 7: tutorial.Rnw:105-106 (eval = FALSE) ################################################### ## mapper <- loadDatabase(dbLocation) ################################################### ### code chunk number 8: tutorial.Rnw:115-118 (eval = FALSE) ################################################### ## location <- getDatabase("Homo sapiens") ## mapper <- loadDatabase(location) ## map(mapper, "L", "196410", "X")