### R code from vignette source 'BBCAnalyzer.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: BBCAnalyzer.Rnw:21-22 ################################################### options(width=100) ################################################### ### code chunk number 2: 3installing (eval = FALSE) ################################################### ## biocLite("BBCAnalyzer") ################################################### ### code chunk number 3: 4loading ################################################### library(BBCAnalyzer) ################################################### ### code chunk number 4: 5 ################################################### sample_file <- system.file("extdata", "SampleNames.txt", package = "BBCAnalyzer") samples <- read.table(sample_file) samples ################################################### ### code chunk number 5: 6 ################################################### target_file <- system.file("extdata", "targetRegions.txt", package = "BBCAnalyzer") targetRegions <- read.table(target_file) targetRegions ################################################### ### code chunk number 6: 7 ################################################### vcf_file <- system.file("extdata", "Example_IonTorrent.vcf", package = "BBCAnalyzer") vcf_IT <- read.table(vcf_file) vcf_IT ################################################### ### code chunk number 7: 8 ################################################### #Example1 library("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19") ref_genome<-BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 output1<-analyzeBases(sample_names=sample_file, bam_input=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), target_regions=target_file, vcf_input="", output=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), output_pictures="", known_file=system.file("extdata","dbsnp_138.part.vcf.gz",package="BBCAnalyzer"), genome=ref_genome, MQ_threshold=60, BQ_threshold=50, frequency_threshold=0.01, qual_lower_bound=58, qual_upper_bound=63, marks=c(0.01), relative=TRUE, per_sample=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: 9 ################################################### head(output1[[1]][[1]]) ################################################### ### code chunk number 9: 9 ################################################### head(output1[[2]][[1]]) ################################################### ### code chunk number 10: 9 ################################################### head(output1[[1]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 11: 9 ################################################### head(output1[[2]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 12: 9 ################################################### head(output1[[3]][[1]]) ################################################### ### code chunk number 13: 9 ################################################### head(output1[[3]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 14: 9 ################################################### head(output1[[4]][[1]]) ################################################### ### code chunk number 15: 9 ################################################### head(output1[[4]][[2]]) ################################################### ### code chunk number 16: Example2 (eval = FALSE) ################################################### ## analyzeBasesPlotOnly(sample_names=sample_file, ## vcf_input=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## output="", ## known_file=system.file("extdata","dbsnp_138.part.vcf.gz",package="BBCAnalyzer"), ## output_list=output_list, ## qual_lower_bound=58, ## qual_upper_bound=63, ## marks=c(0.2,0.4,0.6,0.8,1), ## relative=FALSE, ## per_sample=FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: Example3 (eval = FALSE) ################################################### ## output<-analyzeBases( ## sample_names=system.file("extdata","SampleNames_small.txt",package="BBCAnalyzer"), ## bam_input=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## target_regions=system.file("extdata","targetRegions_small.txt",package="BBCAnalyzer"), ## vcf_input="", ## output=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## output_pictures=system.file("extdata",package="BBCAnalyzer"), ## known_file="", ## genome=ref_genome, ## MQ_threshold=60, ## BQ_threshold=50, ## frequency_threshold=0.01, ## qual_lower_bound=58, ## qual_upper_bound=63, ## marks=c(0.01), ## relative=TRUE, ## per_sample=TRUE)