### R code from vignette source 'AIMS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPackages ################################################### library(AIMS) data(mcgillExample) ################################################### ### code chunk number 2: showMcGill ################################################### dim(mcgillExample$D) ## convert the expression matrix to an ExpressionSet (Biobase) mcgillExample$D <- ExpressionSet(assayData=mcgillExample$D) head(mcgillExample$D[,1:5]) head(mcgillExample$EntrezID) ################################################### ### code chunk number 3: assignSubtypeToMcGill ################################################### mcgill.subtypes <- applyAIMS(mcgillExample$D, mcgillExample$EntrezID) names(mcgill.subtypes) head(mcgill.subtypes$cl) head(mcgill.subtypes$prob) table(mcgill.subtypes$cl) ################################################### ### code chunk number 4: assigneSampleOneSubtypeMcGill ################################################### mcgill.first.sample.subtype <- applyAIMS(mcgillExample$D[,1,drop=FALSE], mcgillExample$EntrezID) names(mcgill.first.sample.subtype) head(mcgill.first.sample.subtype$cl) head(mcgill.first.sample.subtype$prob) table(mcgill.first.sample.subtype$cl) ################################################### ### code chunk number 5: assignSubtypeToVDX ################################################### library(breastCancerVDX) library(hgu133a.db) data(vdx) hgu133a.entrez <- as.character(as.list(hgu133aENTREZID)[featureNames(vdx)]) vdx.subtypes <- applyAIMS(vdx, hgu133a.entrez) names(vdx.subtypes) head(vdx.subtypes$cl) head(vdx.subtypes$prob) table(vdx.subtypes$cl) ################################################### ### code chunk number 6: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())