### R code from vignette source 'GenomicAlignmentsIntroduction.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=72) ################################################### ### code chunk number 2: install (eval = FALSE) ################################################### ## if (!require("BiocManager")) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("GenomicAlignments") ################################################### ### code chunk number 3: initialize ################################################### library(GenomicAlignments) ################################################### ### code chunk number 4: readGAlignments ################################################### library(GenomicAlignments) aln1_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools") aln1 <- readGAlignments(aln1_file) aln1 length(aln1) ################################################### ### code chunk number 5: accessors ################################################### head(seqnames(aln1)) seqlevels(aln1) head(strand(aln1)) head(cigar(aln1)) head(qwidth(aln1)) head(start(aln1)) head(end(aln1)) head(width(aln1)) head(njunc(aln1)) ################################################### ### code chunk number 6: SessionInfo ################################################### sessionInfo()