### R code from vignette source 'savR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: prepare ################################################### library(savR) ################################################### ### code chunk number 2: intro ################################################### fc <- savR(system.file("extdata", "MiSeq", package="savR")) ################################################### ### code chunk number 3: show ################################################### fc ################################################### ### code chunk number 4: doPfPlot (eval = FALSE) ################################################### ## pfBoxplot(fc) ################################################### ### code chunk number 5: pfPlot ################################################### png(filename="pf.png", width=400, height=300, res=72) pfBoxplot(fc) invisible(dev.off()) ################################################### ### code chunk number 6: intro2 (eval = FALSE) ################################################### ## fc <- savR(system.file("extdata", "MiSeq", package="savR")) ################################################### ### code chunk number 7: ri ################################################### directions(fc) reads(fc) cycles(fc) flowcellLayout(fc) ################################################### ### code chunk number 8: ciex ################################################### head(correctedIntensities(fc), n=1) ################################################### ### code chunk number 9: doCiPlot (eval = FALSE) ################################################### ## plotIntensity(fc) ################################################### ### code chunk number 10: ciPlot ################################################### png(filename="ci.png", width=250, height=400, res=72) plotIntensity(fc) invisible(dev.off()) ################################################### ### code chunk number 11: qmex ################################################### head(qualityMetrics(fc), n=1) ################################################### ### code chunk number 12: doQhPlot (eval = FALSE) ################################################### ## qualityHeatmap(fc,1,1) ################################################### ### code chunk number 13: qhPlot ################################################### png(filename="qh.png", width=400, height=300, res=72) qualityHeatmap(fc,1,1) invisible(dev.off()) ################################################### ### code chunk number 14: tmex ################################################### head(tileMetrics(fc), n=4) ################################################### ### code chunk number 15: example2 ################################################### head(extractionMetrics(fc), n=1)