### R code from vignette source 'mdqcvignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: mdqcvignette.Rnw:84-88 ################################################### library(mdqc) data(allQC) dim(allQC) allQC[1:2,] ################################################### ### code chunk number 2: mdqcvignette.Rnw:96-100 ################################################### mdout <- mdqc(allQC, method="nogroups") plot(mdout) print(mdout) summary(mdout) ################################################### ### code chunk number 3: mdqcvignette.Rnw:105-106 ################################################### plot(mdout) ################################################### ### code chunk number 4: mdqcvignette.Rnw:144-147 ################################################### mdout <- mdqc(allQC, method="apriori", groups=list(1:5, 6:9, 10:11)) plot(mdout) ################################################### ### code chunk number 5: mdqcvignette.Rnw:152-153 ################################################### plot(mdout) ################################################### ### code chunk number 6: mdqcvignette.Rnw:203-206 ################################################### mdout <- mdqc(allQC, method="cluster", k=3) plot(mdout) print(mdout) ################################################### ### code chunk number 7: mdqcvignette.Rnw:211-212 ################################################### plot(mdout) ################################################### ### code chunk number 8: mdqcvignette.Rnw:231-234 ################################################### mdout <- mdqc(allQC, method="loading", k=3, pc=4) plot(mdout) print(mdout) ################################################### ### code chunk number 9: mdqcvignette.Rnw:253-255 ################################################### mdout <- mdqc(allQC, method="global", pc=4) plot(mdout) ################################################### ### code chunk number 10: mdqcvignette.Rnw:260-261 ################################################### plot(mdout)