### R code from vignette source 'goProfiles.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: requiredFiles1 ################################################### options(width=60, warn=0, digits=5) require(goProfiles) ################################################### ### code chunk number 2: prostateIds ################################################### require(goProfiles) data(prostateIds) ################################################### ### code chunk number 3: basicProfilesMF ################################################### welsh.MF <- basicProfile (welsh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") singh.MF <- basicProfile (singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") welsh.singh.MF <-mergeProfilesLists(welsh.MF, singh.MF, profNames=c("Welsh", "Singh")) printProfiles(welsh.singh.MF, percentage=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: plotProfileMF ################################################### plotProfiles (welsh.MF, aTitle="Welsh (2001). Prostate cancer data") ################################################### ### code chunk number 5: basicProfilesANY ################################################### welsh <- basicProfile (welsh01EntrezIDs[1:100], onto="ANY", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") ################################################### ### code chunk number 6: comparevisual ################################################### plotProfiles (welsh.singh.MF, percentage=T,aTitle="Welsh vs Singh", legend=T) ################################################### ### code chunk number 7: compareDiff1 ################################################### compared.welsh.singh.01.MF <- compareGeneLists (welsh01EntrezIDs[1:100], singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") print(compSummary(compared.welsh.singh.01.MF)) ################################################### ### code chunk number 8: fisherGOProf1 ################################################### list1 <- welsh01EntrezIDs[1:100] list2 <- singh01EntrezIDs[1:100] commProf <- basicProfile(intersect(list1, list2), onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")$MF fisherGOProfiles(welsh.MF$MF, singh.MF$MF, commProf, method="holm") ################################################### ### code chunk number 9: compareEquiv1 ################################################### data(prostateIds) expandedWelsh <- expandedProfile(welsh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") expandedSingh <- expandedProfile(singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") commonGenes <- intersect(welsh01EntrezIDs[1:100], singh01EntrezIDs[1:100]) commonExpanded <- expandedProfile(commonGenes, onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") equivMF <-equivalentGOProfiles (expandedWelsh[['MF']], qm = expandedSingh[['MF']], pqn0= commonExpanded[['MF']]) print(equivSummary(equivMF, decs=5))