### R code from vignette source 'ngenomeschips.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ngenomeschips.Rnw:35-36 ################################################### library(altcdfenvs) ################################################### ### code chunk number 2: ngenomeschips.Rnw:39-40 ################################################### library(plasmodiumanophelescdf) ################################################### ### code chunk number 3: ngenomeschips.Rnw:47-49 ################################################### planocdf <- wrapCdfEnvAffy(plasmodiumanophelescdf, 712, 712, "plasmodiumanophelescdf") print(planocdf) ################################################### ### code chunk number 4: ngenomeschips.Rnw:60-62 ################################################### ids <- geneNames(planocdf) ids.pf <- ids[grep("^Pf", ids)] ################################################### ### code chunk number 5: ngenomeschips.Rnw:66-69 ################################################### ## subset the object to only keep probe sets of interest plcdf <- planocdf[ids.pf] print(plcdf) ################################################### ### code chunk number 6: ngenomeschips.Rnw:77-82 ################################################### filename <- system.file("exampleData", "Plasmodium-Probeset-IDs.txt", package="altcdfenvs") ids.pf <- scan(file = filename, what = "") plcdf <- planocdf[ids.pf] print(plcdf) ################################################### ### code chunk number 7: ngenomeschips.Rnw:86-88 ################################################### plcdf@envName <- "Plasmodium ids only" print(plcdf)