### R code from vignette source 'RnBeads_Annotations.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: RnBeads_Annotations.Rnw:152-155 ################################################### suppressPackageStartupMessages(library(RnBeads)) #for knitr: avoid tidy because it messes up line breaks # opts_chunk$set(tidy=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: RnBeads_Annotations.Rnw:162-163 ################################################### rnb.get.assemblies() ################################################### ### code chunk number 3: RnBeads_Annotations.Rnw:195-197 (eval = FALSE) ################################################### ## control.annotation <- rnb.get.annotation("controls450") ## head(control.annotation) ################################################### ### code chunk number 4: RnBeads_Annotations.Rnw:228-230 (eval = FALSE) ################################################### ## probe.annotation <- rnb.get.annotation("probes450") ## probe.annotation ################################################### ### code chunk number 5: RnBeads_Annotations.Rnw:252-255 (eval = FALSE) ################################################### ## gene.annotation <- rnb.get.annotation("genes") ## attr(gene.annotation, "version") ## gene.annotation ################################################### ### code chunk number 6: RnBeads_Annotations.Rnw:262-264 (eval = FALSE) ################################################### ## promoters <- rnb.annotation2data.frame(rnb.get.annotation("promoters")) ## write.csv(promoters, file = "promoters.csv", row.names = FALSE)