### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.Rnw:35-37 ################################################### options(width=90) options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(RSVSim) ################################################### ### code chunk number 3: toyExample ################################################### genome = DNAStringSet( c("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT", "GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC")) names(genome) = c("chr1","chr2") genome ################################################### ### code chunk number 4: genomeEcoli (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805) ## genome = DNAStringSet(Ecoli[["NC_008253"]]) ## names(genome) = "NC_008253" ################################################### ### code chunk number 5: deletionExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, dels=3, sizeDels=10, bpSeqSize=6, seed=456, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 6: insertionExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, ins=3, sizeIns=5, bpSeqSize=6, seed=246, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 7: insertionExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, ins=3, sizeIns=5, percCopiedIns=0.66, bpSeqSize=6, seed=246, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 8: inversionExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, invs=3, sizeInvs=c(2,4,6), bpSeqSize=6, seed=456, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 9: tandemDupExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, dups=1, sizeDups=6, maxDups=3, bpSeqSize=6, seed=3456, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 10: translocationExample1 ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome,trans=1, bpSeqSize=6, seed=123, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 11: translocationExample1 ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome,trans=1, percBalancedTrans=0, bpSeqSize=6, seed=123, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 12: weightsMechanisms ################################################### data(weightsMechanisms, package="RSVSim") show(weightsMechanisms) ################################################### ### code chunk number 13: weightsRepeats ################################################### data(weightsRepeats, package="RSVSim") show(weightsRepeats) ################################################### ### code chunk number 14: weightsExample (eval = FALSE) ################################################### ## weightsRepeats = data.frame( ## NAHR = c(0,0,3,1,0,0,0), ## NHR = c(1.04,0.62,1.16,0,2.06,0,0), ## TEI = c(1.66,0.25,0,0,0,0,0), ## VNTR = c(0,0,0,0,0,1,0), ## Other = c(0,0,0,0,0,0,1) ## ) ## rownames(weightsRepeats) = c("L1","L2","Alu","MIR","SD","TR","Random") ## sim = simulateSV(output=NA, dels=10, repeatBias=TRUE, weightsRepeats=weightsRepeats, ## verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: bpMutationsExample ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, dels=1, sizeDels=5, bpFlankSize=10, percSNPs=0.25, indelProb=1, maxIndelSize=3, bpSeqSize=10, seed=123, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 16: regionsExample1 ################################################### regions = GRanges(IRanges(c(21,1),c(40,20)), seqnames=c("chr1","chr2")) regions sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, invs=4, sizeInvs=5, regionsInvs=regions, bpSeqSize=6, seed=2345, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 17: regionsExample2 (eval = FALSE) ################################################### ## transcriptDB = makeTxDbFromUCSC(genome = "hg19",tablename = "knownGene") ## exons = exonsBy(transcriptDB) ## exons = unlist(exons) ## exons = GRanges(IRanges(start=start(exons), end=end(exons)), seqnames=seqnames(exons)) ## simulateSV(output=NA, dels=100, regionsDels=exons, sizeDels=1000, bpSeqSize=50) ################################################### ### code chunk number 18: regionsExample3 ################################################### knownDeletion = GRanges(IRanges(16,25), seqnames="chr2") names(knownDeletion) = "myDeletion" knownDeletion sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, regionsDels=knownDeletion, bpSeqSize=10, random=FALSE, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 19: regionsExample4 ################################################### knownInsertion = GRanges(IRanges(16,25),seqnames="chr1", chrB="chr2", startB=26) names(knownInsertion) = "myInsertion" knownInsertion sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, regionsIns=knownInsertion, bpSeqSize=10, random=FALSE, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 20: regionsExample5a ################################################### trans_BCR_ABL = GRanges(IRanges(133000000,141213431), seqnames="chr9", chrB="chr22", startB=23000000, endB=51304566, balanced=TRUE) names(trans_BCR_ABL) = "BCR_ABL" trans_BCR_ABL ################################################### ### code chunk number 21: regionsExample5b (eval = FALSE) ################################################### ## sim = simulateSV(output=NA, chrs=c("chr9", "chr22"), regionsTrans=trans_BCR_ABL, ## bpSeqSize=50, random=FALSE) ################################################### ### code chunk number 22: comparisonExample1 ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, dels=5, sizeDels=5, bpSeqSize=10, seed=2345, verbose=FALSE) simSVs = metadata(sim)$deletions simSVs ################################################### ### code chunk number 23: comparisonExample2 ################################################### querySVs = data.frame( chr=c("chr1","chr1","chr1","chr2","chr2"), start=c(12,17,32,2,16), end=c(15,24,36,6,20), bpSeq=c("AAAAAAAAAA", "AAAAAAATTT", "TTTTTTTTTT", "GGGGGGGGGG", "GGGGGGCCCC") ) querySVs ################################################### ### code chunk number 24: comparisonExample3 ################################################### compareSV(querySVs, simSVs, tol=0) ################################################### ### code chunk number 25: comparisonExample4 ################################################### compareSV(querySVs, simSVs, tol=3) ################################################### ### code chunk number 26: comparisonExample5 ################################################### sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, trans=2, percBalancedTrans=0.5, bpSeqSize=10, seed=246, verbose=FALSE) simSVs = metadata(sim)$translocations simSVs ################################################### ### code chunk number 27: comparisonExample6 ################################################### querySVs = data.frame( chr=c("chr1", "chr1", "chr2"), start1=c(15,32,32), end1=c(18,36,33), chr2=c("chr2","chr2","chr1"), start2=c(10,31,32), end2=c(12,33,36) ) querySVs ################################################### ### code chunk number 28: comparisonExample7 ################################################### compareSV(querySVs, simSVs, tol=0) ################################################### ### code chunk number 29: vignette.Rnw:341-342 ################################################### set.seed(246) ################################################### ### code chunk number 30: sizesExample1 ################################################### sizes = sample(2:5, 5, replace=TRUE) sizes sim = simulateSV(output=NA, genome=genome, dels=5, sizeDels=sizes, bpSeqSize=6, seed=246, verbose=FALSE) sim metadata(sim) ################################################### ### code chunk number 31: sizesExample2 ################################################### svSizes = c(10,20,30,40,60,80,100,150,200,250,300,400,500,750,1000) simSizes = estimateSVSizes(n=1000, svSizes=svSizes, minSize=10, maxSize=1000, hist=TRUE) head(simSizes, n=20) ################################################### ### code chunk number 32: sizesExample3 ################################################### delSizes = estimateSVSizes(n=10000, minSize=500, maxSize=10000, default="deletions", hist=TRUE) head(delSizes, n=15) ################################################### ### code chunk number 33: sizesExample4 ################################################### delSizes = estimateSVSizes(n=10000, minSize=500, maxSize=10000, default="insertions", hist=TRUE) head(delSizes, n=15) ################################################### ### code chunk number 34: sizesExample5 ################################################### invSizes = estimateSVSizes(n=10000, minSize=500, maxSize=10000, default="inversions", hist=TRUE) head(invSizes, n=15) ################################################### ### code chunk number 35: sizesExample6 ################################################### delSizes = estimateSVSizes(n=10000, minSize=500, maxSize=10000, default="tandemDuplications", hist=TRUE) head(delSizes, n=15) ################################################### ### code chunk number 36: runtime1 (eval = FALSE) ################################################### ## simulateSV(output=NA, dels=10, ins=10, inv=10, dups=10, trans=10, ## sizeDels=10000, sizeIns=10000, sizeInvs=10000, sizeDups=10000, ## repeatBias=FALSE, bpFlankSize=50, percSNPs=0.25, indelProb=0.5, maxIndelSize=10) ################################################### ### code chunk number 37: sessionInfo ################################################### sessionInfo()