### R code from vignette source 'GPA-example.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: installation (eval = FALSE) ################################################### ## if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("GPA") ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### options(prompt = "R> ") ################################################### ### code chunk number 3: GPA-prelim ################################################### library("GPA") ################################################### ### code chunk number 4: mosaicsExample-prelim ################################################### library(gpaExample) data(exampleData) dim(exampleData$pval) head(exampleData$pval) dim(exampleData$ann) head(exampleData$ann) table(exampleData$ann) ################################################### ### code chunk number 5: GPA-noann-show (eval = FALSE) ################################################### ## fit.GPA.noAnn <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], NULL ) ################################################### ### code chunk number 6: GPA-noann-run ################################################### fit.GPA.noAnn <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], NULL, maxIter=100 ) ################################################### ### code chunk number 7: GPA-noann-simple (eval = FALSE) ################################################### ## fit.GPA.noAnn <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ] ) ################################################### ### code chunk number 8: GPA-ann-show (eval = FALSE) ################################################### ## fit.GPA.wAnn <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], exampleData$ann ) ################################################### ### code chunk number 9: GPA-ann-run ################################################### fit.GPA.wAnn <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], exampleData$ann, maxIter=100 ) ################################################### ### code chunk number 10: GPA-show-ann ################################################### fit.GPA.wAnn ################################################### ### code chunk number 11: GPA-estimates-se-ann ################################################### estimates( fit.GPA.wAnn ) se( fit.GPA.wAnn ) ################################################### ### code chunk number 12: GPA-assoc-ann ################################################### assoc.GPA.wAnn <- assoc( fit.GPA.wAnn, FDR=0.20, fdrControl="global" ) dim(assoc.GPA.wAnn) head(assoc.GPA.wAnn) table(assoc.GPA.wAnn[,1]) table(assoc.GPA.wAnn[,2]) ################################################### ### code chunk number 13: GPA-fdr-ann ################################################### fdr.GPA.wAnn <- fdr(fit.GPA.wAnn) dim(fdr.GPA.wAnn) head(fdr.GPA.wAnn) ################################################### ### code chunk number 14: GPA-assoc-pattern-ann ################################################### assoc11.GPA.wAnn <- assoc( fit.GPA.wAnn, FDR=0.20, fdrControl="global", pattern="11" ) length(assoc11.GPA.wAnn) head(assoc11.GPA.wAnn) table(assoc11.GPA.wAnn) fdr11.GPA.wAnn <- fdr( fit.GPA.wAnn, pattern="11" ) length(fdr11.GPA.wAnn) head(fdr11.GPA.wAnn) ################################################### ### code chunk number 15: GPA-pleiotropy-null-show (eval = FALSE) ################################################### ## fit.GPA.pleiotropy.H0 <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], NULL, pleiotropyH0=TRUE ) ################################################### ### code chunk number 16: GPA-pleiotropy-null-run ################################################### fit.GPA.pleiotropy.H0 <- GPA( exampleData$pval[ , c(3,5) ], NULL, pleiotropyH0=TRUE, maxIter=100 ) ################################################### ### code chunk number 17: GPA-pleiotropy-null-show ################################################### fit.GPA.pleiotropy.H0 ################################################### ### code chunk number 18: pTest ################################################### test.GPA.pleiotropy <- pTest( fit.GPA.noAnn, fit.GPA.pleiotropy.H0 ) ################################################### ### code chunk number 19: aTest ################################################### test.GPA.annotation <- aTest( fit.GPA.noAnn, fit.GPA.wAnn ) ################################################### ### code chunk number 20: GPA-noann-fdr-cov ################################################### dim(print(fit.GPA.wAnn)) head(print(fit.GPA.wAnn)) cov(fit.GPA.wAnn) ################################################### ### code chunk number 21: session-inf ################################################### sessionInfo()