library(MultiAssayExperiment)
library(SingleCellMultiModal)ECCITE-seq data are an evolution of the CITE-seq data (see also CITE-seq vignette for more details) by extending the CITE-seq original data types with a third one always extracted from the same cell. Indeed, in addition to the CITE-seq provided scRNA-seq and antibody-derived tags (ADT), it provides around ten Hashtagged Oligo (HTO). In particular this dataset is provided by .
The user can see the available dataset by using the default options through the CITE-seq function.
CITEseq(DataType="peripheral_blood", modes="*", dry.run=TRUE, version="1.0.0")## Dataset: peripheral_blood## snapshotDate(): 2020-10-27## ah_id mode file_size rdataclass rdatadateadded rdatadateremoved
## 1 EH4613 CTCL_scADT 0.4 Mb matrix 2020-09-24 <NA>
## 2 EH4614 CTCL_scHTO 0.1 Mb matrix 2020-09-24 <NA>
## 3 EH4615 CTCL_scRNA 14.3 Mb dgCMatrix 2020-09-24 <NA>
## 4 EH4616 CTCL_TCRab 0.3 Mb data.frame 2020-09-24 <NA>
## 5 EH4617 CTCL_TCRgd 0.1 Mb data.frame 2020-09-24 <NA>
## 6 EH4618 CTRL_scADT 0.4 Mb matrix 2020-09-24 <NA>
## 7 EH4619 CTRL_scHTO 0.1 Mb matrix 2020-09-24 <NA>
## 8 EH4620 CTRL_scRNA 13.3 Mb dgCMatrix 2020-09-24 <NA>
## 9 EH4621 CTRL_TCRab 0.2 Mb data.frame 2020-09-24 <NA>
## 10 EH4622 CTRL_TCRgd 0.1 Mb data.frame 2020-09-24 <NA>Or simply by setting dry.run = FALSE it downloads the data and by default
creates the MultiAssayExperiment object.
In this example, we will use one of the two available datasets scADT_Counts:
mae <- CITEseq(DataType="peripheral_blood", modes="*", dry.run=FALSE, version="1.0.0")
mae## A MultiAssayExperiment object of 3 listed
## experiments with user-defined names and respective classes.
## Containing an ExperimentList class object of length 3:
## [1] scADT: dgCMatrix with 52 rows and 13000 columns
## [2] scHTO: dgCMatrix with 7 rows and 13000 columns
## [3] scRNA: dgCMatrix with 33538 rows and 10248 columns
## Functionality:
## experiments() - obtain the ExperimentList instance
## colData() - the primary/phenotype DataFrame
## sampleMap() - the sample coordination DataFrame
## `$`, `[`, `[[` - extract colData columns, subset, or experiment
## *Format() - convert into a long or wide DataFrame
## assays() - convert ExperimentList to a SimpleList of matrices
## exportClass() - save all data to filesExample with actual data:
experiments(mae)## ExperimentList class object of length 3:
## [1] scADT: dgCMatrix with 52 rows and 13000 columns
## [2] scHTO: dgCMatrix with 7 rows and 13000 columns
## [3] scRNA: dgCMatrix with 33538 rows and 10248 columnsAdditionally, we stored into the object metedata
Check row annotations:
rownames(mae)## CharacterList of length 3
## [["scADT"]] character(0)
## [["scHTO"]] character(0)
## [["scRNA"]] hg19_A1BG hg19_A1BG-AS1 hg19_A1CF ... hg19_ZZEF1 hg19_hsa-mir-1253Take a peek at the sampleMap:
sampleMap(mae)## DataFrame with 36248 rows and 4 columns
## assay primary colname condition
## <factor> <character> <character> <character>
## 1 scADT CTCL_AAACCTGAGCTATGCT CTCL_AAACCTGAGCTATGCT CTCL
## 2 scADT CTCL_AAACCTGCAATGGAGC CTCL_AAACCTGCAATGGAGC CTCL
## 3 scADT CTCL_AAACCTGCATACTACG CTCL_AAACCTGCATACTACG CTCL
## 4 scADT CTCL_AAACCTGCATATGGTC CTCL_AAACCTGCATATGGTC CTCL
## 5 scADT CTCL_AAACCTGCATGCATGT CTCL_AAACCTGCATGCATGT CTCL
## ... ... ... ... ...
## 36244 scRNA CTRL_TTTGTCAGTCACCCAG CTRL_TTTGTCAGTCACCCAG CTRL
## 36245 scRNA CTRL_TTTGTCAGTGCAGGTA CTRL_TTTGTCAGTGCAGGTA CTRL
## 36246 scRNA CTRL_TTTGTCATCACAATGC CTRL_TTTGTCATCACAATGC CTRL
## 36247 scRNA CTRL_TTTGTCATCCTAAGTG CTRL_TTTGTCATCCTAAGTG CTRL
## 36248 scRNA CTRL_TTTGTCATCGTTGACA CTRL_TTTGTCATCGTTGACA CTRLThe scRNA-seq data are accessible with the name scRNAseq, which returns a
matrix object.
head(experiments(mae)$scRNA)[, 1:4]## 6 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
## CTCL_AAACCTGCAATGGAGC CTCL_AAACCTGCATACTACG CTCL_AAACCTGCATATGGTC
## hg19_A1BG . . .
## hg19_A1BG-AS1 . . .
## hg19_A1CF . . .
## hg19_A2M . . .
## hg19_A2M-AS1 . . .
## hg19_A2ML1 . . .
## CTCL_AAACCTGCATGCATGT
## hg19_A1BG .
## hg19_A1BG-AS1 .
## hg19_A1CF .
## hg19_A2M .
## hg19_A2M-AS1 .
## hg19_A2ML1 .The scADT data are accessible with the name scADT, which returns a
matrix object.
head(experiments(mae)$scADT)[, 1:4]## 6 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
## CTCL_AAACCTGAGCTATGCT CTCL_AAACCTGCAATGGAGC CTCL_AAACCTGCATACTACG
## [1,] 4 1 .
## [2,] 2 . 3
## [3,] 5 2 3
## [4,] 23 7 11
## [5,] 4 . 11
## [6,] 5 3 3
## CTCL_AAACCTGCATATGGTC
## [1,] 1
## [2,] 3
## [3,] 5
## [4,] 18
## [5,] 5
## [6,] 3The dataset has two different conditions (CTCL and CTRL) which samples can be identified with the colData accessor.
CTCL stands for cutaneous T-cell lymphoma while CTRL for control.
For example, if we want only the CTCL samples, we can run:
(ctclMae <- mae[,colData(mae)$condition == "CTCL",])## A MultiAssayExperiment object of 3 listed
## experiments with user-defined names and respective classes.
## Containing an ExperimentList class object of length 3:
## [1] scADT: dgCMatrix with 52 rows and 6500 columns
## [2] scHTO: dgCMatrix with 7 rows and 6500 columns
## [3] scRNA: dgCMatrix with 33538 rows and 5399 columns
## Functionality:
## experiments() - obtain the ExperimentList instance
## colData() - the primary/phenotype DataFrame
## sampleMap() - the sample coordination DataFrame
## `$`, `[`, `[[` - extract colData columns, subset, or experiment
## *Format() - convert into a long or wide DataFrame
## assays() - convert ExperimentList to a SimpleList of matrices
## exportClass() - save all data to filesAnd if you’re interested into the common samples across all the modalities
you can use the complete.cases funtion.
ctclMae[,complete.cases(ctclMae),]## A MultiAssayExperiment object of 3 listed
## experiments with user-defined names and respective classes.
## Containing an ExperimentList class object of length 3:
## [1] scADT: dgCMatrix with 52 rows and 4190 columns
## [2] scHTO: dgCMatrix with 7 rows and 4190 columns
## [3] scRNA: dgCMatrix with 33538 rows and 4190 columns
## Functionality:
## experiments() - obtain the ExperimentList instance
## colData() - the primary/phenotype DataFrame
## sampleMap() - the sample coordination DataFrame
## `$`, `[`, `[[` - extract colData columns, subset, or experiment
## *Format() - convert into a long or wide DataFrame
## assays() - convert ExperimentList to a SimpleList of matrices
## exportClass() - save all data to filesThe CRIPR perturbated scRNAs data are stored in a different spot to keep their original long format.
They can be accessed with the metadata accessors which, in this case returns a named list of data.frames.
sgRNAs <- metadata(mae)
names(sgRNAs)## [1] "CTCL_TCRab" "CTCL_TCRgd" "CTRL_TCRab" "CTRL_TCRgd"There are four different sgRNAs datasets, one per each condition and family receptors combination.
TCR stands for T-Cell Receptor, while a,b,g,d stand for alpha, beta, gamma and delta respectively.
To look into the TCRab, simply run:
sgRNAs$CTCL_TCRab## barcode is_cell contig_id high_confidence
## 1 AAACCTGCAATGGAGC-1 True AAACCTGCAATGGAGC-1_contig_1 True
## 10 AAACCTGGTCATACTG-1 True AAACCTGGTCATACTG-1_contig_2 True
## 100 AAAGTAGGTAAATACG-1 True AAAGTAGGTAAATACG-1_contig_1 True
## 1000 ACGGGCTTCGGCGCAT-1 True ACGGGCTTCGGCGCAT-1_contig_2 True
## 1001 ACGGGTCAGGACTGGT-1 True ACGGGTCAGGACTGGT-1_contig_1 True
## 1002 ACGGGTCAGGACTGGT-1 True ACGGGTCAGGACTGGT-1_contig_2 True
## 1003 ACGGGTCAGTGGGTTG-1 True ACGGGTCAGTGGGTTG-1_contig_1 True
## 1004 ACGGGTCAGTGGGTTG-1 True ACGGGTCAGTGGGTTG-1_contig_2 True
## 1005 ACGGGTCCACCGCTAG-1 True ACGGGTCCACCGCTAG-1_contig_1 True
## 1006 ACGGGTCCACCGCTAG-1 True ACGGGTCCACCGCTAG-1_contig_3 True
## 1007 ACGGGTCGTACATCCA-1 True ACGGGTCGTACATCCA-1_contig_1 True
## 1008 ACGGGTCGTATTCGTG-1 True ACGGGTCGTATTCGTG-1_contig_1 True
## 1009 ACGGGTCGTATTCGTG-1 True ACGGGTCGTATTCGTG-1_contig_2 True
## 101 AAAGTAGGTAAATACG-1 True AAAGTAGGTAAATACG-1_contig_2 True
## 1010 ACGGGTCGTATTCGTG-1 True ACGGGTCGTATTCGTG-1_contig_3 True
## 1011 ACGGGTCGTATTCGTG-1 True ACGGGTCGTATTCGTG-1_contig_5 True
## 1012 ACGGGTCGTTGGTGGA-1 True ACGGGTCGTTGGTGGA-1_contig_1 True
## 1013 ACGGGTCGTTGGTGGA-1 True ACGGGTCGTTGGTGGA-1_contig_2 True
## 1014 ACGGGTCTCCCAAGAT-1 True ACGGGTCTCCCAAGAT-1_contig_1 True
## 1015 ACGGGTCTCCCAAGAT-1 True ACGGGTCTCCCAAGAT-1_contig_2 True
## 1016 ACGGGTCTCGTTGACA-1 True ACGGGTCTCGTTGACA-1_contig_1 True
## 1017 ACGGGTCTCGTTGACA-1 True ACGGGTCTCGTTGACA-1_contig_2 True
## 1018 ACGGGTCTCTCCAACC-1 True ACGGGTCTCTCCAACC-1_contig_1 True
## 1019 ACGGGTCTCTCCAACC-1 True ACGGGTCTCTCCAACC-1_contig_3 True
## 102 AAAGTAGGTAAATACG-1 True AAAGTAGGTAAATACG-1_contig_3 True
## 1020 ACGGGTCTCTGCCAGG-1 True ACGGGTCTCTGCCAGG-1_contig_1 True
## 1021 ACGGGTCTCTGCCAGG-1 True ACGGGTCTCTGCCAGG-1_contig_2 True
## 1022 ACGGGTCTCTGCCAGG-1 True ACGGGTCTCTGCCAGG-1_contig_3 True
## 1023 ACGTCAAAGTGGCACA-1 True ACGTCAAAGTGGCACA-1_contig_1 True
## 1024 ACGTCAAAGTGGCACA-1 True ACGTCAAAGTGGCACA-1_contig_2 True
## 1025 ACGTCAAAGTGGCACA-1 True ACGTCAAAGTGGCACA-1_contig_3 True
## 1026 ACGTCAAAGTGTTTGC-1 True ACGTCAAAGTGTTTGC-1_contig_1 True
## 1027 ACGTCAAAGTGTTTGC-1 True ACGTCAAAGTGTTTGC-1_contig_2 True
## 1028 ACGTCAAAGTGTTTGC-1 True ACGTCAAAGTGTTTGC-1_contig_3 True
## 1029 ACGTCAAAGTTTGCGT-1 True ACGTCAAAGTTTGCGT-1_contig_1 True
## 103 AAAGTAGGTACCGGCT-1 True AAAGTAGGTACCGGCT-1_contig_1 True
## 1030 ACGTCAAAGTTTGCGT-1 True ACGTCAAAGTTTGCGT-1_contig_2 True
## 1031 ACGTCAAAGTTTGCGT-1 True ACGTCAAAGTTTGCGT-1_contig_3 True
## 1032 ACGTCAACATAGGATA-1 True ACGTCAACATAGGATA-1_contig_1 True
## 1033 ACGTCAACATAGGATA-1 True ACGTCAACATAGGATA-1_contig_2 True
## 1034 ACGTCAATCAAACGGG-1 True ACGTCAATCAAACGGG-1_contig_1 True
## 1035 ACGTCAATCAAACGGG-1 True ACGTCAATCAAACGGG-1_contig_2 True
## 1036 ACGTCAATCACCACCT-1 True ACGTCAATCACCACCT-1_contig_1 True
## 1037 ACTATCTAGACCACGA-1 True ACTATCTAGACCACGA-1_contig_1 True
## 1038 ACTATCTAGACCACGA-1 True ACTATCTAGACCACGA-1_contig_2 True
## 1039 ACTATCTAGTTTAGGA-1 True ACTATCTAGTTTAGGA-1_contig_1 True
## 104 AAAGTAGGTACCGGCT-1 True AAAGTAGGTACCGGCT-1_contig_2 True
## 1040 ACTATCTAGTTTAGGA-1 True ACTATCTAGTTTAGGA-1_contig_2 True
## 1041 ACTATCTCAATGAATG-1 True ACTATCTCAATGAATG-1_contig_1 True
## 1042 ACTATCTCAATGAATG-1 True ACTATCTCAATGAATG-1_contig_2 True
## 1043 ACTATCTCAATGAATG-1 True ACTATCTCAATGAATG-1_contig_3 True
## 1044 ACTATCTGTACTCAAC-1 True ACTATCTGTACTCAAC-1_contig_1 True
## 1045 ACTATCTGTACTCAAC-1 True ACTATCTGTACTCAAC-1_contig_2 True
## 1046 ACTATCTGTAGCGCAA-1 True ACTATCTGTAGCGCAA-1_contig_1 True
## 1047 ACTATCTGTAGCGCAA-1 True ACTATCTGTAGCGCAA-1_contig_2 True
## 1048 ACTATCTGTAGCGCAA-1 True ACTATCTGTAGCGCAA-1_contig_3 True
## 1049 ACTATCTGTATAGGGC-1 True ACTATCTGTATAGGGC-1_contig_1 True
## 105 AAAGTAGTCGCCAAAT-1 True AAAGTAGTCGCCAAAT-1_contig_1 True
## 1050 ACTATCTGTATAGGGC-1 True ACTATCTGTATAGGGC-1_contig_2 True
## 1051 ACTATCTGTATAGGGC-1 True ACTATCTGTATAGGGC-1_contig_3 True
## 1052 ACTATCTGTATATGGA-1 True ACTATCTGTATATGGA-1_contig_1 True
## 1053 ACTATCTGTATATGGA-1 True ACTATCTGTATATGGA-1_contig_3 True
## 1054 ACTATCTGTCAGAAGC-1 True ACTATCTGTCAGAAGC-1_contig_1 True
## 1055 ACTATCTGTCAGAAGC-1 True ACTATCTGTCAGAAGC-1_contig_2 True
## 1056 ACTATCTGTCTACCTC-1 True ACTATCTGTCTACCTC-1_contig_1 True
## 1057 ACTATCTGTCTACCTC-1 True ACTATCTGTCTACCTC-1_contig_2 True
## 1058 ACTATCTGTCTACCTC-1 True ACTATCTGTCTACCTC-1_contig_3 True
## 1059 ACTATCTGTCTACCTC-1 True ACTATCTGTCTACCTC-1_contig_5 True
## 106 AAAGTAGTCGCCAAAT-1 True AAAGTAGTCGCCAAAT-1_contig_2 True
## 1060 ACTATCTGTCTTGATG-1 True ACTATCTGTCTTGATG-1_contig_1 True
## 1061 ACTATCTGTCTTGATG-1 True ACTATCTGTCTTGATG-1_contig_2 True
## 1062 ACTATCTGTCTTGATG-1 True ACTATCTGTCTTGATG-1_contig_3 True
## 1063 ACTATCTGTCTTGATG-1 True ACTATCTGTCTTGATG-1_contig_4 True
## 1064 ACTATCTGTCTTGATG-1 True ACTATCTGTCTTGATG-1_contig_6 True
## 1065 ACTATCTGTGCTCTTC-1 True ACTATCTGTGCTCTTC-1_contig_1 True
## 1066 ACTATCTGTGCTCTTC-1 True ACTATCTGTGCTCTTC-1_contig_2 True
## 1067 ACTATCTTCGCGTTTC-1 True ACTATCTTCGCGTTTC-1_contig_1 True
## 1068 ACTGAACAGAGGACGG-1 True ACTGAACAGAGGACGG-1_contig_1 True
## 1069 ACTGAACAGAGGACGG-1 True ACTGAACAGAGGACGG-1_contig_2 True
## 107 AAAGTAGTCGCCAAAT-1 True AAAGTAGTCGCCAAAT-1_contig_7 True
## 1070 ACTGAACAGAGGACGG-1 True ACTGAACAGAGGACGG-1_contig_3 True
## 1071 ACTGAACAGCTAGCCC-1 True ACTGAACAGCTAGCCC-1_contig_1 True
## 1072 ACTGAACAGCTAGCCC-1 True ACTGAACAGCTAGCCC-1_contig_2 True
## 1073 ACTGAACAGCTAGCCC-1 True ACTGAACAGCTAGCCC-1_contig_3 True
## 1074 ACTGAACAGGTACTCT-1 True ACTGAACAGGTACTCT-1_contig_1 True
## 1075 ACTGAACAGGTACTCT-1 True ACTGAACAGGTACTCT-1_contig_2 True
## 1076 ACTGAACAGTTGTAGA-1 True ACTGAACAGTTGTAGA-1_contig_1 True
## 1077 ACTGAACAGTTGTAGA-1 True ACTGAACAGTTGTAGA-1_contig_2 True
## 1078 ACTGAACAGTTGTAGA-1 True ACTGAACAGTTGTAGA-1_contig_3 True
## 1079 ACTGAACCAAGCCGCT-1 True ACTGAACCAAGCCGCT-1_contig_1 True
## 108 AAAGTAGTCTGCAGTA-1 True AAAGTAGTCTGCAGTA-1_contig_1 True
## 1080 ACTGAACCAAGCCGCT-1 True ACTGAACCAAGCCGCT-1_contig_2 True
## 1081 ACTGAACCACCCAGTG-1 True ACTGAACCACCCAGTG-1_contig_1 True
## 1082 ACTGAACCATTCTCAT-1 True ACTGAACCATTCTCAT-1_contig_1 True
## 1083 ACTGAACCATTCTCAT-1 True ACTGAACCATTCTCAT-1_contig_2 True
## 1084 ACTGAACGTAAAGTCA-1 True ACTGAACGTAAAGTCA-1_contig_1 True
## 1085 ACTGAACGTCTAAACC-1 True ACTGAACGTCTAAACC-1_contig_1 True
## 1086 ACTGAACGTCTAAACC-1 True ACTGAACGTCTAAACC-1_contig_2 True
## 1087 ACTGAACGTTAGAACA-1 True ACTGAACGTTAGAACA-1_contig_1 True
## 1088 ACTGAACGTTAGAACA-1 True ACTGAACGTTAGAACA-1_contig_2 True
## 1089 ACTGAACTCAGTGTTG-1 True ACTGAACTCAGTGTTG-1_contig_1 True
## 109 AAAGTAGTCTGCAGTA-1 True AAAGTAGTCTGCAGTA-1_contig_2 True
## 1090 ACTGAACTCGTAGGAG-1 True ACTGAACTCGTAGGAG-1_contig_1 True
## 1091 ACTGAACTCGTAGGAG-1 True ACTGAACTCGTAGGAG-1_contig_4 True
## 1092 ACTGAACTCGTAGGAG-1 True ACTGAACTCGTAGGAG-1_contig_6 True
## 1093 ACTGAGTAGATCTGAA-1 True ACTGAGTAGATCTGAA-1_contig_1 True
## 1094 ACTGAGTAGTGCCATT-1 True ACTGAGTAGTGCCATT-1_contig_1 True
## 1095 ACTGAGTAGTGCCATT-1 True ACTGAGTAGTGCCATT-1_contig_3 True
## 1096 ACTGAGTCAGCTTCGG-1 True ACTGAGTCAGCTTCGG-1_contig_1 True
## 1097 ACTGAGTGTCCTGCTT-1 True ACTGAGTGTCCTGCTT-1_contig_1 True
## 1098 ACTGAGTGTCCTGCTT-1 True ACTGAGTGTCCTGCTT-1_contig_2 True
## 1099 ACTGAGTGTGTTCGAT-1 True ACTGAGTGTGTTCGAT-1_contig_1 True
## 11 AAACCTGGTCCAGTTA-1 True AAACCTGGTCCAGTTA-1_contig_1 True
## 110 AAATGCCAGAGACTTA-1 True AAATGCCAGAGACTTA-1_contig_1 True
## 1100 ACTGAGTGTGTTCGAT-1 True ACTGAGTGTGTTCGAT-1_contig_2 True
## 1101 ACTGAGTTCGTTGACA-1 True ACTGAGTTCGTTGACA-1_contig_1 True
## 1102 ACTGAGTTCGTTGACA-1 True ACTGAGTTCGTTGACA-1_contig_2 True
## 1103 ACTGATGAGACATAAC-1 True ACTGATGAGACATAAC-1_contig_1 True
## 1104 ACTGATGAGCTTCGCG-1 True ACTGATGAGCTTCGCG-1_contig_1 True
## 1105 ACTGATGAGCTTCGCG-1 True ACTGATGAGCTTCGCG-1_contig_2 True
## 1106 ACTGATGAGGAACTGC-1 True ACTGATGAGGAACTGC-1_contig_1 True
## 1107 ACTGATGAGGAACTGC-1 True ACTGATGAGGAACTGC-1_contig_2 True
## 1108 ACTGATGAGGAACTGC-1 True ACTGATGAGGAACTGC-1_contig_3 True
## 1109 ACTGATGAGGCATTGG-1 True ACTGATGAGGCATTGG-1_contig_1 True
## 111 AAATGCCAGAGACTTA-1 True AAATGCCAGAGACTTA-1_contig_3 True
## 1110 ACTGATGAGGCATTGG-1 True ACTGATGAGGCATTGG-1_contig_2 True
## 1111 ACTGATGAGGCATTGG-1 True ACTGATGAGGCATTGG-1_contig_3 True
## 1112 ACTGATGAGTCAATAG-1 True ACTGATGAGTCAATAG-1_contig_1 True
## 1113 ACTGATGAGTCAATAG-1 True ACTGATGAGTCAATAG-1_contig_2 True
## 1114 ACTGATGCAAGGTTCT-1 True ACTGATGCAAGGTTCT-1_contig_1 True
## 1115 ACTGATGGTATAATGG-1 True ACTGATGGTATAATGG-1_contig_1 True
## 1116 ACTGATGGTATAATGG-1 True ACTGATGGTATAATGG-1_contig_2 True
## 1117 ACTGATGGTCTCTCTG-1 True ACTGATGGTCTCTCTG-1_contig_1 True
## 1118 ACTGATGGTCTCTCTG-1 True ACTGATGGTCTCTCTG-1_contig_2 True
## 1119 ACTGATGGTTCCACTC-1 True ACTGATGGTTCCACTC-1_contig_1 True
## 112 AAATGCCAGAGGTACC-1 True AAATGCCAGAGGTACC-1_contig_1 True
## 1120 ACTGATGTCATGCATG-1 True ACTGATGTCATGCATG-1_contig_1 True
## 1121 ACTGATGTCATGCATG-1 True ACTGATGTCATGCATG-1_contig_2 True
## 1122 ACTGATGTCATGCATG-1 True ACTGATGTCATGCATG-1_contig_3 True
## 1123 ACTGCTCAGAAGGGTA-1 True ACTGCTCAGAAGGGTA-1_contig_1 True
## 1124 ACTGCTCAGAAGGGTA-1 True ACTGCTCAGAAGGGTA-1_contig_2 True
## 1125 ACTGCTCAGACAGGCT-1 True ACTGCTCAGACAGGCT-1_contig_2 True
## 1126 ACTGCTCAGACAGGCT-1 True ACTGCTCAGACAGGCT-1_contig_3 True
## 1127 ACTGCTCAGATCGATA-1 True ACTGCTCAGATCGATA-1_contig_2 True
## 1128 ACTGCTCAGATCGATA-1 True ACTGCTCAGATCGATA-1_contig_3 True
## 1129 ACTGCTCAGGACAGAA-1 True ACTGCTCAGGACAGAA-1_contig_1 True
## 113 AAATGCCAGAGGTACC-1 True AAATGCCAGAGGTACC-1_contig_2 True
## 1130 ACTGCTCAGGACAGAA-1 True ACTGCTCAGGACAGAA-1_contig_2 True
## 1131 ACTGCTCAGGATGCGT-1 True ACTGCTCAGGATGCGT-1_contig_1 True
## 1132 ACTGCTCAGGATGCGT-1 True ACTGCTCAGGATGCGT-1_contig_2 True
## 1133 ACTGCTCCAAGGACTG-1 True ACTGCTCCAAGGACTG-1_contig_1 True
## 1134 ACTGCTCCACGCCAGT-1 True ACTGCTCCACGCCAGT-1_contig_1 True
## 1135 ACTGCTCCACGCCAGT-1 True ACTGCTCCACGCCAGT-1_contig_2 True
## 1136 ACTGCTCCATCCCATC-1 True ACTGCTCCATCCCATC-1_contig_1 True
## 1137 ACTGCTCGTAAGAGAG-1 True ACTGCTCGTAAGAGAG-1_contig_1 True
## 1138 ACTGCTCGTAAGAGAG-1 True ACTGCTCGTAAGAGAG-1_contig_2 True
## 1139 ACTGCTCGTTGGTGGA-1 True ACTGCTCGTTGGTGGA-1_contig_1 True
## 114 AAATGCCAGAGGTACC-1 True AAATGCCAGAGGTACC-1_contig_3 True
## 1140 ACTGCTCGTTGGTGGA-1 True ACTGCTCGTTGGTGGA-1_contig_4 True
## 1141 ACTGCTCTCAACACGT-1 True ACTGCTCTCAACACGT-1_contig_1 True
## 1142 ACTGCTCTCAACACGT-1 True ACTGCTCTCAACACGT-1_contig_2 True
## 1143 ACTGTCCAGAGGTAGA-1 True ACTGTCCAGAGGTAGA-1_contig_1 True
## 1144 ACTGTCCAGAGGTAGA-1 True ACTGTCCAGAGGTAGA-1_contig_2 True
## 1145 ACTGTCCAGAGGTTAT-1 True ACTGTCCAGAGGTTAT-1_contig_1 True
## 1146 ACTGTCCAGAGGTTAT-1 True ACTGTCCAGAGGTTAT-1_contig_2 True
## 1147 ACTGTCCAGAGGTTAT-1 True ACTGTCCAGAGGTTAT-1_contig_3 True
## 1148 ACTGTCCAGTGAAGAG-1 True ACTGTCCAGTGAAGAG-1_contig_1 True
## 1149 ACTGTCCAGTGAAGAG-1 True ACTGTCCAGTGAAGAG-1_contig_2 True
## 115 AAATGCCAGCCACGCT-1 True AAATGCCAGCCACGCT-1_contig_1 True
## 1150 ACTGTCCGTAGCACGA-1 True ACTGTCCGTAGCACGA-1_contig_1 True
## 1151 ACTGTCCGTAGCACGA-1 True ACTGTCCGTAGCACGA-1_contig_2 True
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## 2495 CACCACTAGAGCCCAA-1 True CACCACTAGAGCCCAA-1_contig_1 True
## 2496 CACCACTAGAGCCCAA-1 True CACCACTAGAGCCCAA-1_contig_2 True
## 2497 CACCACTAGGCTCATT-1 True CACCACTAGGCTCATT-1_contig_1 True
## 2498 CACCACTAGGCTCATT-1 True CACCACTAGGCTCATT-1_contig_2 True
## 2499 CACCACTCACTGTTAG-1 True CACCACTCACTGTTAG-1_contig_1 True
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## 2500 CACCACTCACTGTTAG-1 True CACCACTCACTGTTAG-1_contig_2 True
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## 2519 CACCAGGAGCGCTTAT-1 True CACCAGGAGCGCTTAT-1_contig_2 True
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## 3620 CGACCTTTCGGCATCG-1 True CGACCTTTCGGCATCG-1_contig_1 True
## 3621 CGACCTTTCGGCATCG-1 True CGACCTTTCGGCATCG-1_contig_3 True
## 3622 CGACCTTTCTTGTTTG-1 True CGACCTTTCTTGTTTG-1_contig_1 True
## 3623 CGACCTTTCTTGTTTG-1 True CGACCTTTCTTGTTTG-1_contig_2 True
## 3624 CGACCTTTCTTGTTTG-1 True CGACCTTTCTTGTTTG-1_contig_3 True
## 3625 CGACCTTTCTTGTTTG-1 True CGACCTTTCTTGTTTG-1_contig_4 True
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## 3806 CGCCAAGGTGGACGAT-1 True CGCCAAGGTGGACGAT-1_contig_1 True
## 3807 CGCCAAGGTGGACGAT-1 True CGCCAAGGTGGACGAT-1_contig_2 True
## 3808 CGCCAAGTCCGCTGTT-1 True CGCCAAGTCCGCTGTT-1_contig_1 True
## 3809 CGCCAAGTCCGCTGTT-1 True CGCCAAGTCCGCTGTT-1_contig_3 True
## 381 AAGCCGCTCTGTCAAG-1 True AAGCCGCTCTGTCAAG-1_contig_1 True
## 3810 CGCCAAGTCGCGCCAA-1 True CGCCAAGTCGCGCCAA-1_contig_1 True
## 3811 CGCCAAGTCTCTAAGG-1 True CGCCAAGTCTCTAAGG-1_contig_1 True
## 3812 CGCCAAGTCTCTAAGG-1 True CGCCAAGTCTCTAAGG-1_contig_2 True
## 3813 CGCCAAGTCTTGTACT-1 True CGCCAAGTCTTGTACT-1_contig_1 True
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## 3832 CGCGTTTAGGAGCGTT-1 True CGCGTTTAGGAGCGTT-1_contig_2 True
## 3833 CGCGTTTAGTGTGAAT-1 True CGCGTTTAGTGTGAAT-1_contig_1 True
## 3834 CGCGTTTCAGCTGTGC-1 True CGCGTTTCAGCTGTGC-1_contig_1 True
## 3835 CGCGTTTCAGCTGTGC-1 True CGCGTTTCAGCTGTGC-1_contig_2 True
## 3836 CGCGTTTCAGTGAGTG-1 True CGCGTTTCAGTGAGTG-1_contig_1 True
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## 1967 CLQCDFHLDPCHCVNTEAFF
## 1968 CSARFLRGGYNEQFF
## 1969 CAGQLRNAGGTSYGKLTF
## 197 CAGQLRNAGGTSYGKLTF
## 1970 CIVRVAGRANFGNEKLTF
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## 1972 CALEDMRF
## 1973 CSARFLRGGYNEQFF
## 1974 CAGQLRNAGGTSYGKLTF
## 1975 CAVNRDTNAGKSTF
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## 1977 CSARVAGVYNEQFF
## 1978 CSARFLRGGYNEQFF
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## 1987 CSARFLRGGYNEQFF
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## 593 3710 3 clonotype222 clonotype222_consensus_2
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## 5988 13107 8 clonotype1 clonotype1_consensus_1
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## 599 2529 2 clonotype3 None
## 5990 3032 2 clonotype1168 clonotype1168_consensus_2
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## 5992 1005 2 None None
## 5993 9375 8 clonotype1 clonotype1_consensus_1
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## 5996 5586 3 clonotype10 clonotype10_consensus_2
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## 5998 1883 1 clonotype10 clonotype10_consensus_1
## 5999 18965 12 clonotype1169 clonotype1169_consensus_1
## [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 4071 rows ]Because of already large use of some methodologies (such as
in the SingleCellExperiment vignette or CiteFuse Vignette where the
SingleCellExperiment object is used for CITE-seq data,
we provide a function for the conversion of our CITE-seq MultiAssayExperiment
object into a SingleCellExperiment object with scRNA-seq data as counts and
scADT data as altExps.
sce <- CITEseq(DataType="peripheral_blood", modes="*", dry.run=FALSE,
version="1.0.0", DataClass="SingleCellExperiment")sessionInfo()## R version 4.0.3 (2020-10-10)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS
##
## Matrix products: default
## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.12-bioc/R/lib/libRblas.so
## LAPACK: /home/biocbuild/bbs-3.12-bioc/R/lib/libRlapack.so
##
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## [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=C
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##
## attached base packages:
## [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets
## [8] methods base
##
## other attached packages:
## [1] SingleCellMultiModal_1.2.4 MultiAssayExperiment_1.16.0
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##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] Rcpp_1.0.6 lattice_0.20-41
## [3] SingleCellExperiment_1.12.0 assertthat_0.2.1
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