### R code from vignette source 'HumanAffyData.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: HumanAffyData.Rnw:42-46 ################################################### library(ExperimentHub) hub <- ExperimentHub() x <- query(hub, "HumanAffyData") x ################################################### ### code chunk number 3: HumanAffyData.Rnw:51-52 ################################################### E.MTAB.62 <- x[["EH177"]] ################################################### ### code chunk number 4: HumanAffyData.Rnw:57-58 ################################################### E.MTAB.62 ################################################### ### code chunk number 5: HumanAffyData.Rnw:63-66 ################################################### data <- exprs(E.MTAB.62) dim(data) data[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 6: HumanAffyData.Rnw:73-75 ################################################### pDat <- pData(E.MTAB.62) print(summary(pDat)) ################################################### ### code chunk number 7: HumanAffyData.Rnw:80-83 ################################################### Groups_96 <- as.character(pDat$Groups_369) Groups_96[Groups_96 %in% names(which(table(pDat$Groups_96) < 10))] <- '' pDat$Groups_96 <- as.factor(Groups_96) ################################################### ### code chunk number 8: HumanAffyData.Rnw:92-93 ################################################### citation("HumanAffyData")