### R code from vignette source 'pmm-package.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: data ################################################### library(pmm) data(kinome) head(kinome) ################################################### ### code chunk number 2: fit.pmm.simple ################################################### fit1 <- pmm(kinome, "InfectionIndex", gene.col = "GeneName", condition.col = "condition") head(fit1) ################################################### ### code chunk number 3: fit.pmm.nonsimple ################################################### fit2 <- pmm(kinome, "InfectionIndex", gene.col = "GeneName", condition.col = "condition", simplify = FALSE) class(fit2) names(fit2) identical(fit1,fit2[[1]]) ################################################### ### code chunk number 4: fit.pmm.NAs ################################################### kinome$InfectionIndex[kinome$GeneName == "AAK1" & kinome$condition == "ADENO"] <- rep(NA,12) fit3 <- pmm(kinome ,"InfectionIndex", gene.col = "GeneName") head(fit3,3) ################################################### ### code chunk number 5: plotex1 ################################################### hitheatmap(fit1, threshold = 0.2) ################################################### ### code chunk number 6: pmm-package.Rnw:202-203 ################################################### hitheatmap(fit1, threshold = 0.2) ################################################### ### code chunk number 7: plotex2 ################################################### hitheatmap(fit1, threshold = 0.4, cex.main = 2, main = "My modified plot", col.main = "white", col.axis = "white", cex.axis = 0.8, bg = "black", mar = c(6,8,4,6)) ################################################### ### code chunk number 8: pmm-package.Rnw:227-228 ################################################### hitheatmap(fit1, threshold = 0.4, cex.main = 2, main = "My modified plot", col.main = "white", col.axis = "white", cex.axis = 0.8, bg = "black", mar = c(6,8,4,6)) ################################################### ### code chunk number 9: sharedness.fit ################################################### sh <- sharedness(fit1, threshold = 0.2) sh[order(sh$Sharedness),] ################################################### ### code chunk number 10: plotex3 ################################################### hitheatmap(fit1, sharedness.score = TRUE, main = "My hits found by PMM") ################################################### ### code chunk number 11: pmm-package.Rnw:262-263 ################################################### hitheatmap(fit1, sharedness.score = TRUE, main = "My hits found by PMM")