### R code from vignette source 'marrayPlots.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: marrayPlots.Rnw:105-108 ################################################### library(marray) data(swirl) maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384) ################################################### ### code chunk number 2: marrayPlots.Rnw:128-131 ################################################### Gcol<- maPalette(low="white", high="green",k=50) Rcol<- maPalette(low="white", high="red", k=50) RGcol<-maPalette(low="green", high="red", k=50) ################################################### ### code chunk number 3: maImageGb ################################################### tmp<-image(swirl[,3], xvar="maGb", subset=TRUE, col=Gcol,contours=FALSE, bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: maImageRb ################################################### tmp<-image(swirl[,3], xvar="maRb", subset=TRUE, col=Rcol, contours=FALSE, bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: maImageMraw1 ################################################### tmp<-image(swirl[,3], xvar="maM", bar=FALSE, main="Swirl array 93: image of pre--normalization M") ################################################### ### code chunk number 6: maImageMraw2 ################################################### tmp<-image(swirl[,3], xvar="maM", subset=maTop(maM(swirl[,3]), h=0.10, l=0.10), col=RGcol, contours=FALSE, bar=FALSE,main="Swirl array 93: image of pre--normalization M for 10 % tails") ################################################### ### code chunk number 7: maImageSpotCol ################################################### tmp<- image(swirl[,3], xvar="maSpotCol", bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: maImagePrintTip ################################################### tmp<- image(swirl[,3], xvar="maPrintTip", bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: maImageControls ################################################### tmp<- image(swirl[,3], xvar="maControls",col=heat.colors(10),bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: maImagePlate ################################################### tmp<- image(swirl[,3], xvar="maPlate",bar=FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: maBoxplot1pre ################################################### boxplot(swirl[,3], xvar="maPrintTip", yvar="maM", main="Swirl array 93: pre--normalization") ################################################### ### code chunk number 12: maBoxplot2pre ################################################### boxplot(swirl, yvar="maM", main="Swirl arrays: pre--normalization") ################################################### ### code chunk number 13: marrayPlots.Rnw:343-344 ################################################### swirl.norm <- maNorm(swirl, norm="p") ################################################### ### code chunk number 14: maBoxplot1post ################################################### boxplot(swirl.norm[,3], xvar="maPrintTip", yvar="maM", main="Swirl array 93: post--normalization") ################################################### ### code chunk number 15: maBoxplot2post ################################################### boxplot(swirl.norm, yvar="maM", col="green", main="Swirl arrays: post--normalization") ################################################### ### code chunk number 16: maPlot1pre ################################################### defs<-maDefaultPar(swirl[,3],x="maA",y="maM",z="maPrintTip") # Function for plotting the legend legend.func<-do.call("maLegendLines",defs$def.legend) # Function for performing and plotting lowess fits lines.func<-do.call("maLowessLines",c(list(TRUE,f=0.3),defs$def.lines)) plot(swirl[,3], xvar="maA", yvar="maM", zvar="maPrintTip", lines.func, text.func=maText(), legend.func, main="Swirl array 93: pre--normalization MA--plot") ################################################### ### code chunk number 17: maPlot1post ################################################### plot(swirl.norm[,3], xvar="maA", yvar="maM", zvar="maPrintTip", lines.func, text.func=maText(), legend.func, main="Swirl array 93: post--normalization MA--plot")