### R code from vignette source 'pplacerDemo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: pplacerDemo.Rnw:55-57 ################################################### figdir <- 'figs' dir.create(figdir, showWarnings=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: data ################################################### library(clstutils) expand <- function(fname){ orig.dir <- getwd() destdir <- tempdir() setwd(destdir) archive <- system.file('extdata','vaginal_16s.refpkg.tar.gz', package='clstutils') system(sprintf('tar --no-same-owner -xzf "%s"', archive)) setwd(orig.dir) file.path(destdir, fname) } refpkg <- expand('vaginal_16s.refpkg') placefile <- system.file('extdata','merged.json', package='clstutils') distfile <- system.file('extdata','merged.distmat.bz2', package='clstutils') ################################################### ### code chunk number 3: treeDists ################################################### treedists <- treeDists(distfile=distfile, placefile=placefile) ################################################### ### code chunk number 4: taxonomyFromRefpkg ################################################### taxdata <- taxonomyFromRefpkg(refpkg, seqnames=rownames(treedists$dmat), lowest_rank='species') ################################################### ### code chunk number 5: pplacerDemo.Rnw:141-142 ################################################### placetab <- data.frame(at=49, edge=5.14909e-07, branch=5.14909e-07) ################################################### ### code chunk number 6: pplacerDemo.Rnw:151-153 ################################################### cdata <- classifyPlacements(taxdata, treedists, placetab) cdata