### R code from vignette source 'NanoStringDiff.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: quick start (eval = FALSE) ################################################### ## library("Biobase") ## library("NanoStringDiff") ## data(NanoStringData) ## pheno=pData(NanoStringData) ## design.full=model.matrix(~0+pheno$group) ## NanoStringData=estNormalizationFactors(NanoStringData) ## result=glm.LRT(NanoStringData,design.full,contrast=c(1,-1)) ################################################### ### code chunk number 2: directory (eval = FALSE) ################################################### ## directory <- "/path/to/your/files/" ################################################### ### code chunk number 3: GetDirectory ################################################### directory <- system.file("extdata", package="NanoStringDiff", mustWork=TRUE) path<-paste(directory,"Mori.csv",sep="/") ################################################### ### code chunk number 4: MakePhenotypeData ################################################### designs=data.frame(group=c("Normal","Normal","Tumor","Tumor")) designs ################################################### ### code chunk number 5: CsvInput ################################################### library("NanoStringDiff") NanoStringData=createNanoStringSetFromCsv(path,header=TRUE,designs) NanoStringData ################################################### ### code chunk number 6: MatrixInput ################################################### endogenous=matrix(rpois(100,50),25,4) colnames(endogenous)=paste("Sample",1:4) positive=matrix(rpois(24,c(128,32,8,2,0.5,0.125)*80),6,4) colnames(positive)=paste("Sample",1:4) negative=matrix(rpois(32,10),8,4) colnames(negative)=paste("Sample",1:4) housekeeping=matrix(rpois(12,100),3,4) colnames(housekeeping)=paste("Sample",1:4) designs=data.frame(group=c("Control","Control","Treatment","Treatment"), gender=c("Male","Female","Female","Male"), age=c(20,40,39,37)) NanoStringData1=createNanoStringSet(endogenous,positive, negative,housekeeping,designs) NanoStringData1 pData(NanoStringData1) head(exprs(NanoStringData1)) ################################################### ### code chunk number 7: MakeDesignMatrix1 ################################################### pheno=pData(NanoStringData1) group=pheno$group design.full=model.matrix(~0+group) design.full ################################################### ### code chunk number 8: MakeContrast ################################################### contrast=c(-1,1) ################################################### ### code chunk number 9: GetControls ################################################### NanoStringData1=estNormalizationFactors(NanoStringData1) positiveFactor(NanoStringData1) negativeFactor(NanoStringData1) housekeepingFactor(NanoStringData1) ################################################### ### code chunk number 10: result1 ################################################### result=glm.LRT(NanoStringData1,design.full,contrast=contrast) head(result$table) str(result) ################################################### ### code chunk number 11: CreatePseudoData ################################################### endogenous=matrix(rpois(300,50),25,12) colnames(endogenous)=paste("Sample", 1:12) colnames(endogenous)=paste("Sample",1:12) positive=matrix(rpois(72,c(128,32,8,2,0.5,0.125)*80),6,12) negative=matrix(rpois(96,10),8,12) housekeeping=matrix(rpois(36,100),3,12) designs=data.frame(group=c(rep("A",4),rep("B",4),rep("C",4)), gender=rep(c("Male","Male","Female","Female"),3), age=c(20,40,39,37,29,47,23,45,34,65,35,64)) NanoStringData2=createNanoStringSet(endogenous,positive, negative,housekeeping,designs) NanoStringData2 pData(NanoStringData2) ################################################### ### code chunk number 12: MakeDesignMatrix2 ################################################### pheno=pData(NanoStringData2) group=pheno$group design.full=model.matrix(~0+group) design.full ################################################### ### code chunk number 13: AssignSizeFactors ################################################### NanoStringData2=estNormalizationFactors(NanoStringData2) ################################################### ### code chunk number 14: result2 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,contrast=c(-1,1,0)) ################################################### ### code chunk number 15: result3 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,contrast=c(-1,0,1)) ################################################### ### code chunk number 16: result4 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,contrast=c(0,1,-1)) ################################################### ### code chunk number 17: MakeDesignMatrix3 ################################################### design.full=model.matrix(~group) design.full ################################################### ### code chunk number 18: result5 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=2) ################################################### ### code chunk number 19: result6 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=3) ################################################### ### code chunk number 20: MakeDesignMatrix4 (eval = FALSE) ################################################### ## design.full=model.matrix(~0+group) ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,contrast=c(1,-1/2,-1/2)) ################################################### ### code chunk number 21: MakeDesignMatrix5 ################################################### design=pData(NanoStringData2)[,c("group","gender")] group=design$group gender=design$gender design.full=model.matrix(~group+group:gender) design.full ################################################### ### code chunk number 22: result7 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=4) ################################################### ### code chunk number 23: result8 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=2) ################################################### ### code chunk number 24: result9 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=c(2,5)) ################################################### ### code chunk number 25: MakeDesignMatrix6 ################################################### design.full=model.matrix(~group+gender+group:gender) ################################################### ### code chunk number 26: MakeDesignMatrix7 ################################################### design.full=model.matrix(~group*gender) design.full ################################################### ### code chunk number 27: result10 (eval = FALSE) ################################################### ## result=glm.LRT(NanoStringData2,design.full,Beta=4:5) ################################################### ### code chunk number 28: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())