### R code from vignette source 'Mfuzz.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Mfuzz.Rnw:43-44 ################################################### library(Mfuzz) ################################################### ### code chunk number 2: Mfuzz.Rnw:55-56 ################################################### data(yeast) ################################################### ### code chunk number 3: Mfuzz.Rnw:64-65 ################################################### yeast.r <- filter.NA(yeast, thres=0.25) ################################################### ### code chunk number 4: Mfuzz.Rnw:74-75 ################################################### yeast.f <- fill.NA(yeast.r,mode="mean") ################################################### ### code chunk number 5: Mfuzz.Rnw:93-94 (eval = FALSE) ################################################### ## tmp <- filter.std(yeast.f,min.std=0) ################################################### ### code chunk number 6: Mfuzz.Rnw:117-118 ################################################### yeast.s <- standardise(yeast.f) ################################################### ### code chunk number 7: Mfuzz.Rnw:157-159 (eval = FALSE) ################################################### ## cl <- mfuzz(yeast.s,c=16,m=1.25) ## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl,mfrow=c(4,4),time.labels=seq(0,160,10)) ################################################### ### code chunk number 8: Mfuzz.Rnw:189-191 (eval = FALSE) ################################################### ## m1 <- mestimate(yeast.s) ## m1 # 1.15 ################################################### ### code chunk number 9: Mfuzz.Rnw:234-236 (eval = FALSE) ################################################### ## cl2 <- mfuzz(yeast.s,c=16,m=1.35) ## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl2,mfrow=c(4,4),time.labels=seq(0,160,10)) ################################################### ### code chunk number 10: Mfuzz.Rnw:265-267 (eval = FALSE) ################################################### ## O <- overlap(cl) ## Ptmp <- overlap.plot(cl,over=O,thres=0.05) ################################################### ### code chunk number 11: Mfuzz.Rnw:273-277 (eval = FALSE) ################################################### ## cl3 <- mfuzz(yeast.s,c=10,m=1.25) ## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl3,mfrow=c(3,4)) ## O3 <- overlap(cl3) ## overlap.plot(cl3,over=O3,P=Ptmp,thres=0.05) ################################################### ### code chunk number 12: Mfuzz.Rnw:290-294 (eval = FALSE) ################################################### ## cl4 <- mfuzz(yeast.s,c=25,m=1.25) ## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl4,mfrow=c(5,5)) ## O4 <- overlap(cl4) ## overlap.plot(cl4,over=O4,P=Ptmp,thres=0.05)