### R code from vignette source 'DBChIP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loading ################################################### library(DBChIP) data("PHA4") ################################################### ### code chunk number 2: assign condition ################################################### conds <- factor(c("emb","emb","L1", "L1"), levels=c("emb", "L1")) ################################################### ### code chunk number 3: load binding sites ################################################### path <- system.file("ext", package="DBChIP") binding.site.list <- list() binding.site.list[["emb"]] <- read.table(paste(path, "/emb.binding.txt", sep=""), header=TRUE) head(binding.site.list[["emb"]]) binding.site.list[["L1"]] <- read.table(paste(path, "/L1.binding.txt", sep=""), header=TRUE) bs.list <- read.binding.site.list(binding.site.list) ################################################### ### code chunk number 4: merge ################################################### consensus.site <- site.merge(bs.list) ################################################### ### code chunk number 5: look at ChIP data ################################################### names(chip.data.list) head(chip.data.list[["emb_rep1"]]) ################################################### ### code chunk number 6: look at input data ################################################### names(input.data.list) ################################################### ### code chunk number 7: load data ################################################### dat <- load.data(chip.data.list=chip.data.list, conds=conds, consensus.site= consensus.site, input.data.list=input.data.list, data.type="MCS") ################################################### ### code chunk number 8: site count ################################################### dat <- get.site.count(dat) ################################################### ### code chunk number 9: differential binding ################################################### dat <- test.diff.binding(dat) rept <- report.peak(dat) rept ################################################### ### code chunk number 10: fig-bs ################################################### plotPeak(rept[1,], dat) ################################################### ### code chunk number 11: ShortRead (eval = FALSE) ################################################### ## library(ShortRead) ## aln <- readAligned("./", pattern="emb.bam", type="BAM") ## chip.data.list[["emb"]] <- aln ################################################### ### code chunk number 12: BED (eval = FALSE) ################################################### ## chip.data.list <- list() ## chip.data.list[["emb"]] <- "/path/emb.bed.file" ## chip.data.list[["L1"]] <- "/path/L1.bed.file" ################################################### ### code chunk number 13: session ################################################### sessionInfo()