### R code from vignette source 'ArrayExpress.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: queryAE ################################################### library("ArrayExpress") sets = queryAE(keywords = "pneumonia", species = "homo+sapiens") ################################################### ### code chunk number 2: ArrayExpress-raw ################################################### rawset = ArrayExpress("E-MEXP-1422") ################################################### ### code chunk number 3: ArrayExpress-columnsneeded ################################################### eset = try(ArrayExpress("E-MEXP-1870")) ################################################### ### code chunk number 4: ArrayExpress-withcolumns ################################################### eset = ArrayExpress("E-MEXP-1870", dataCols=list(R="ScanArray Express:F650 Mean", G="ScanArray Express:F550 Mean", Rb="ScanArray Express:B650 Mean", Gb="ScanArray Express:B550 Mean")) ################################################### ### code chunk number 5: getAE-full ################################################### mexp1422 = getAE("E-MEXP-1422", type = "full") ################################################### ### code chunk number 6: ae2bioc-full ################################################### rawset= ae2bioc(mageFiles = mexp1422) ################################################### ### code chunk number 7: getcolproc ################################################### cn = getcolproc(mexp1422) show(cn) ################################################### ### code chunk number 8: procset ################################################### proset = procset(mexp1422, cn[2]) ################################################### ### code chunk number 9: import (eval = FALSE) ################################################### ## AEset = ArrayExpress("E-MEXP-1416") ################################################### ### code chunk number 10: norm (eval = FALSE) ################################################### ## library("affy") ## AEsetnorm = rma(AEset) ################################################### ### code chunk number 11: fac (eval = FALSE) ################################################### ## fac = grep("Factor.Value",colnames(pData(AEsetnorm)), value=T) ################################################### ### code chunk number 12: qanorm (eval = FALSE) ################################################### ## if (suppressWarnings(require("arrayQualityMetrics", quietly=TRUE))) { ## qanorm = arrayQualityMetrics(AEsetnorm, ## outdir = "QAnorm", ## intgroup = fac) ## } ################################################### ### code chunk number 13: limma (eval = FALSE) ################################################### ## library("limma") ## facs = pData(AEsetnorm)[,fac] ## facs[facs[,2]=="female",2]="F" ## facs[facs[,2]=="male",2]="M" ## facs[facs[,1]=="Parkinson disease",1]="parkinson" ## facs = paste(facs[,1],facs[,2], sep=".") ## f = factor(facs) ## design = model.matrix(~0+f) ## colnames(design) = levels(f) ## fit = lmFit(AEsetnorm, design) ## cont.matrix = makeContrasts(normal.FvsM = normal.F-normal.M, ## parkinson.FvsM = parkinson.F-parkinson.M, ## Diff=(parkinson.F-parkinson.M)-(normal.F-normal.M), ## levels=design) ## fit2 = contrasts.fit(fit, cont.matrix) ## fit2 = eBayes(fit2) ## res = topTable(fit2, coef = "parkinson.FvsM", adjust = "BH")