### R code from vignette source 'MAGEAndARR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(AffyCompatible) ################################################### ### code chunk number 2: arr-examples ################################################### arrDir <- system.file("extdata", "ARR", package="AffyCompatible") arrFiles <- list.files(arrDir, pattern=".*ARR", full=TRUE) basename(arrFiles) ################################################### ### code chunk number 3: readArr ################################################### arr <- readArr(arrFiles[[1]]) arrs <- sapply(arrFiles, readArr) arrs[[1]] ################################################### ### code chunk number 4: arr-accessors ################################################### guid(arr) version(arr) ################################################### ### code chunk number 5: physicalArrays-accessor ################################################### physicalArrays(arr) pas <- physicalArrays(arr)[[1]] pas ################################################### ### code chunk number 6: physicalArray-accessor ################################################### physicalArray(pas)[[1]] ################################################### ### code chunk number 7: userAttribute ################################################### ua <- userAttribute(userAttributes(arr)[[1]]) ua ################################################### ### code chunk number 8: userAttribute-access ################################################### lapply(ua[1:4], force) sapply(ua[1:4], name) ################################################### ### code chunk number 9: ARR-readXml ################################################### xml <- readXml(arrFiles[[1]]) ################################################### ### code chunk number 10: xclass-ARR ################################################### xclass(xml, "/ArraySetFile") xclass(xml, "/ArraySetFile/UserAttributes/UserAttribute[4]") ################################################### ### code chunk number 11: xclass-abbrev-ARR ################################################### xclass(xml, "//UserAttribute[4]") sapply(xclass(xml, "//UserAttribute"), name)[1:4] ################################################### ### code chunk number 12: xpath-query ################################################### AffyCompatible:::.xreserved() unlist(xpathApply(xml, "//UserAttribute/@Name", xmlValue)) ################################################### ### code chunk number 13: mage-examples ################################################### mageDir <- system.file("extdata", "DTT", package="AffyCompatible") mageFiles <- list.files(mageDir, pattern=".*xml", full=TRUE) basename(mageFiles) ################################################### ### code chunk number 14: readMage ################################################### mage <- readMage(mageFiles[[1]]) mages <- sapply(mageFiles, readMage) mages[[1]] ################################################### ### code chunk number 15: mage-accessors ################################################### ba <- bioAssay_assnlist(bioAssay_package(mage)[[1]])[[1]] ba measuredBioAssay(ba)[[1]] ################################################### ### code chunk number 16: mage-readXml ################################################### xml <- readXml(mageFiles[[1]]) xclass(xml, "//MeasuredBioAssay")[[1]] sapply(xclass(xml, "//Protocol/*/Parameter"), name)[1:10] xpathApply(xml, "//MeasuredBioAssay/@name", xmlValue) ################################################### ### code chunk number 17: mage-hardware-xml ################################################### hq <- "//Hybridization/*/ProtocolApplication/*/HardwareApplication/*/ParameterValue" hval <- xpathApply(xml, paste(hq, "/@value"), xmlValue) names(hval) <- xpathApply(xml, paste(hq, "//@identifier"), xmlValue) hval ################################################### ### code chunk number 18: dtd ################################################### dtdDir <- system.file("extdata", package="AffyCompatible") list.files(dtdDir, pattern=".*dtd")