### R code from vignette source 'curatedOvarianData_vignette.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: 0 & length(unique(X$tumorstage)) > 1) idx.debulking <- sapply(esets, function(X) sum(X$debulking=="suboptimal",na.rm=TRUE)) > 0 ################################################### ### code chunk number 13: example4plot ################################################### res <- forestplot(esets=esets[idx.debulking & idx.tumorstage], probeset="CXCL12",formula=y~probeset+debulking+tumorstage, at=log(c(0.5,1,2,4))) ################################################### ### code chunk number 14: example5plot ################################################### res <- forestplot(esets=esets,probeset="CXCR4",at=log(c(0.5,1,2,4))) ################################################### ### code chunk number 15: combine2 ################################################### combine2 <- function(X1, X2) { fids <- intersect(featureNames(X1), featureNames(X2)) X1 <- X1[fids,] X2 <- X2[fids,] ExpressionSet(cbind(exprs(X1),exprs(X2)), AnnotatedDataFrame(rbind(as(phenoData(X1),"data.frame"), as(phenoData(X2),"data.frame"))) ) } ################################################### ### code chunk number 16: boxplot1 ################################################### data(E.MTAB.386_eset) data(GSE30161_eset) X <- combine2(E.MTAB.386_eset, GSE30161_eset) boxplot(exprs(X)) ################################################### ### code chunk number 17: combat ################################################### mod <- model.matrix(~as.factor(tumorstage), data=X) batch <- as.factor(grepl("DFCI",sampleNames(X))) combat_edata <- ComBat(dat=exprs(X), batch=batch, mod=mod) ################################################### ### code chunk number 18: boxplot2 ################################################### boxplot(combat_edata) ################################################### ### code chunk number 19: expand ################################################### expandProbesets <- function (eset, sep = "///") { x <- lapply(featureNames(eset), function(x) strsplit(x, sep)[[1]]) eset <- eset[order(sapply(x, length)), ] x <- lapply(featureNames(eset), function(x) strsplit(x, sep)[[1]]) idx <- unlist(sapply(1:length(x), function(i) rep(i, length(x[[i]])))) xx <- !duplicated(unlist(x)) idx <- idx[xx] x <- unlist(x)[xx] eset <- eset[idx, ] featureNames(eset) <- x eset } X <- TCGA_eset[head(grep("///", featureNames(TCGA_eset))),] exprs(X)[,1:3] exprs(expandProbesets(X))[,1:3] ################################################### ### code chunk number 20: featureData ################################################### head(pData(featureData(GSE18520_eset))) ################################################### ### code chunk number 21: annotationeg ################################################### annotation(GSE18520_eset) ################################################### ### code chunk number 22: loadallsamples ################################################### rm(list=ls()) source(system.file("extdata", "patientselection_all.config",package="curatedOvarianData")) source(system.file("extdata", "createEsetList.R", package = "curatedOvarianData")) ################################################### ### code chunk number 23: heatmap ################################################### .esetsStats <- function(esets) { res <- lapply(varLabels(esets[[1]]), function(covar) unlist(sapply(esets, function(X) sum(!is.na(X[[covar]]))>0))) names(res) <- varLabels(esets[[1]]) do.call(rbind, res) } df.r <- .esetsStats(esets) M <- as.matrix(apply(df.r,c(1,2),ifelse,0,1)) colnames(M) <- gsub("_eset$", "", colnames(M)) # no need to show the sample ids M <- M[-(1:2),] heatmap(M[nrow(M):1,],scale="none",margins=c(8,10),Rowv=NA) ################################################### ### code chunk number 24: esetToTableFuns ################################################### source(system.file("extdata", "summarizeEsets.R", package = "curatedOvarianData")) ################################################### ### code chunk number 25: esettable ################################################### summary.table <- t(sapply(esets, getEsetData)) rownames(summary.table) <- sub("_eset", "", rownames(summary.table)) ################################################### ### code chunk number 26: writeesettable ################################################### (myfile <- tempfile()) write.table(summary.table, file=myfile, row.names=FALSE, quote=TRUE, sep=",") ################################################### ### code chunk number 27: xtable ################################################### library(xtable) print(xtable(summary.table[, c(2, 3, 4, 5, 7)], caption="Datasets provided by curatedOvarianData. This is an abbreviated version of Table 1 of the manuscript; the full version is written by the write.table command above. Stage column is early/late/unknown, histology column is ser/clearcell/endo/mucinous/other/unknown.", table.placement="p", caption.placement="bottom"), floating.environment='sidewaystable') ################################################### ### code chunk number 28: simplygetdata (eval = FALSE) ################################################### ## library(curatedOvarianData) ## library(affy) ## data(GSE30161_eset) ## write.csv(exprs(GSE30161_eset), file="GSE30161_eset_exprs.csv") ## write.csv(pData(GSE30161_eset), file="GSE30161_eset_clindata.csv") ################################################### ### code chunk number 29: simplyseveraldatasets (eval = FALSE) ################################################### ## data.to.fetch <- c("GSE30161_eset", "E.MTAB.386_eset") ## for (onedata in data.to.fetch){ ## print(paste("Fetching", onedata)) ## data(list=onedata) ## write.csv(exprs(get(onedata)), file=paste(onedata, "_exprs.csv", sep="")) ## write.csv(pData(get(onedata)), file=paste(onedata, "_clindata.csv", sep="")) ## } ################################################### ### code chunk number 30: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())