### R code from vignette source 'networkBMA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.data ################################################### library(networkBMA) data(vignette) dim(timeSeries) dim(reg.prob) dim(brem.data) reg.known ################################################### ### code chunk number 2: yeastScanBMA ################################################### edges.ScanBMA <- networkBMA(data = timeSeries[,-(1:2)], nTimePoints = length(unique(timeSeries$time)), prior.prob = reg.prob, nvar = 50, ordering = "bic1+prior", diff100 = TRUE, diff0 = TRUE) edges.ScanBMA[1:9,] ################################################### ### code chunk number 3: yeastiBMA ################################################### edges.iBMA <- networkBMA(data = timeSeries[,-(1:2)], nTimePoints = length(unique(timeSeries$time)), prior.prob = reg.prob, known = reg.known, nvar = 50, control = iBMAcontrolLM(), ordering = "bic1+prior", diff100 = FALSE, diff0 = FALSE) edges.iBMA[1:9,] ################################################### ### code chunk number 4: yeastfastBMA ################################################### edges.fastBMA <- networkBMA(data = timeSeries[,-(1:2)], nTimePoints = length(unique(timeSeries$time)), prior.prob = reg.prob, control = fastBMAcontrol(edgeMin = 0.01, fastgCtrl = fastgControl(optimize = 4))) edges.fastBMA[1:9,] ################################################### ### code chunk number 5: contingency.tables ################################################### ctables <- contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs, reg.known, thresh=c(.5,.75,.9)) ctables ################################################### ### code chunk number 6: scores ################################################### scores( ctables, what = c("FDR", "precision", "recall")) ################################################### ### code chunk number 7: rocANDprc ################################################### roc( contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs), plotit = TRUE) title("ROC") prc( contabs.netwBMA( edges.ScanBMA, referencePairs), plotit = TRUE) title("Precision-Recall") ################################################### ### code chunk number 8: ScanBMA ################################################### gene <- "YNL037C" variables <- which(rownames(brem.data) != gene) control <- ScanBMAcontrol(OR = 20, useg = TRUE, gCtrl = gControl(optimize = FALSE, g0 = 20)) ScanBMAmodel.YNL037C <- ScanBMA( x = t(brem.data[variables,]), y = unlist(brem.data[gene,]), control = control) ################################################### ### code chunk number 9: probne0 ################################################### ScanBMAmodel.YNL037C$probne0[ScanBMAmodel.YNL037C$probne0 > 0]