### R code from vignette source 'iBMQ.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loading iBMQ package ################################################### library(iBMQ) ################################################### ### code chunk number 2: loading SNP data (eval = FALSE) ################################################### ## data(snp) ################################################### ### code chunk number 3: loading gene data (eval = FALSE) ################################################### ## data(gene) ################################################### ### code chunk number 4: Calculate PPA (eval = FALSE) ################################################### ## # PPA <- eqtlMcmc(snp, gene, n.iter=100,burn.in=100,n.sweep=20,mc.cores=6, RIS=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: calculateThreshold (eval = FALSE) ################################################### ## cutoff <- calculateThreshold(PPA, 0.1) ################################################### ### code chunk number 6: count eQTL (eval = FALSE) ################################################### ## eqtl <- eqtlFinder(PPA, cutoff) ################################################### ### code chunk number 7: loading SNP data (eval = FALSE) ################################################### ## data(snppos) ################################################### ### code chunk number 8: loading gene (eval = FALSE) ################################################### ## data(genepos) ################################################### ### code chunk number 9: class SNP data (eval = FALSE) ################################################### ## eqtltype <- eqtlClassifier(eqtl, snppos, genepos,1000000) ################################################### ### code chunk number 10: ploteQTLs (eval = FALSE) ################################################### ## library(ggplot2) ## ggplot(eqtltype, aes(y=GeneStart, x=MarkerPosition)) + ## geom_point(aes(y=GeneStart, x=MarkerPosition,color = PPA), size = 1.5)+ ## facet_grid(GeneChrm~MarkerChrm)+theme_bw(base_size = 12, base_family = "")+ ## theme(axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_blank(), axis.text.y = element_blank())+scale_x_reverse() ################################################### ### code chunk number 11: hotpot (eval = FALSE) ################################################### ## hotspot <- hotspotFinder(eqtltype, 10) ################################################### ### code chunk number 12: hotpot (eval = FALSE) ################################################### ## data(genotype.liver) ################################################### ### code chunk number 13: hotpot (eval = FALSE) ################################################### ## data(phenotype.liver) ################################################### ### code chunk number 14: hotpot (eval = FALSE) ################################################### ## #PPA.liver <- eqtlMcmc(genotype.liver, phenotype.liver, n.iter=100,burn.in=100,n.sweep=20,mc.cores=6, RIS=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: hotpot ################################################### data(PPA.liver) ################################################### ### code chunk number 16: hotpot ################################################### cutoff.liver <- calculateThreshold(PPA.liver, 0.2) ################################################### ### code chunk number 17: hotpot ################################################### eqtl.liver <- eqtlFinder(PPA.liver, cutoff.liver) ################################################### ### code chunk number 18: hotpot ################################################### data(probe.liver) ################################################### ### code chunk number 19: hotpot ################################################### data(map.liver) ################################################### ### code chunk number 20: hotpot ################################################### eqtl.type.liver <- eqtlClassifier(eqtl.liver, map.liver, probe.liver,5000000) ################################################### ### code chunk number 21: ploteQTLs ################################################### library(ggplot2) ggplot(eqtl.type.liver, aes(y=GeneStart, x=MarkerPosition)) + geom_point(aes(y=GeneStart, x=MarkerPosition,color = PPA), size = 1.5)+ facet_grid(GeneChrm~MarkerChrm)+theme_bw(base_size = 12, base_family = "")+ theme(axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_blank(), axis.text.y = element_blank())+scale_x_reverse() ################################################### ### code chunk number 22: hotpot (eval = FALSE) ################################################### ## hotspot.liver <- hotspotFinder(eqtl.type.liver,20)