### R code from vignette source 'cn.mops.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: cn.mops.Rnw:40-47 ################################################### options(width=75) set.seed(0) library(cn.mops) library(Biobase) library(GenomicRanges) library(GenomeInfoDb) cn.mopsVersion <- packageDescription("cn.mops")$Version ################################################### ### code chunk number 2: cn.mops.Rnw:140-141 ################################################### library(cn.mops) ################################################### ### code chunk number 3: cn.mops.Rnw:150-152 (eval = FALSE) ################################################### ## BAMFiles <- list.files(pattern=".bam$") ## bamDataRanges <- getReadCountsFromBAM(BAMFiles) ################################################### ### code chunk number 4: cn.mops.Rnw:156-157 (eval = FALSE) ################################################### ## res <- cn.mops(bamDataRanges) ################################################### ### code chunk number 5: cn.mops.Rnw:162-163 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(res,which=1) ################################################### ### code chunk number 6: cn.mops.Rnw:167-172 ################################################### data(cn.mops) resCNMOPS <- cn.mops(XRanges) pdf("003.pdf") plot(resCNMOPS,which=7,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: cn.mops.Rnw:232-236 ################################################### BAMFiles <- list.files(system.file("extdata", package="cn.mops"),pattern=".bam$", full.names=TRUE) bamDataRanges <- getReadCountsFromBAM(BAMFiles, sampleNames=paste("Sample",1:3)) ################################################### ### code chunk number 8: cn.mops.Rnw:241-242 ################################################### (bamDataRanges) ################################################### ### code chunk number 9: cn.mops.Rnw:261-263 ################################################### data(cn.mops) ls() ################################################### ### code chunk number 10: cn.mops.Rnw:268-269 ################################################### head(XRanges[,1:3]) ################################################### ### code chunk number 11: cn.mops.Rnw:272-273 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPS <- cn.mops(XRanges) ################################################### ### code chunk number 12: cn.mops.Rnw:277-278 ################################################### resCNMOPS <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 13: cn.mops.Rnw:284-285 ################################################### head(X[,1:3]) ################################################### ### code chunk number 14: cn.mops.Rnw:288-289 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPSX <- cn.mops(X) ################################################### ### code chunk number 15: cn.mops.Rnw:293-294 (eval = FALSE) ################################################### ## resCNMOPSX <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPSX) ################################################### ### code chunk number 16: cn.mops.Rnw:300-301 (eval = FALSE) ################################################### ## all(individualCall(resCNMOPSX)==individualCall(resCNMOPS)) ################################################### ### code chunk number 17: cn.mops.Rnw:307-308 (eval = FALSE) ################################################### ## (resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 18: cn.mops.Rnw:312-313 ################################################### cnvs(resCNMOPS)[1:5] ################################################### ### code chunk number 19: cn.mops.Rnw:318-319 ################################################### cnvr(resCNMOPS)[1,1:5] ################################################### ### code chunk number 20: cn.mops.Rnw:325-326 ################################################### (CNVRanges[15,1:5]) ################################################### ### code chunk number 21: cn.mops.Rnw:332-334 ################################################### ranges(cnvr(resCNMOPS))[1:2] ranges(cnvr(resCNMOPS)) %over% ranges(CNVRanges) ################################################### ### code chunk number 22: cn.mops.Rnw:342-343 (eval = FALSE) ################################################### ## help(CNVDetectionResult) ################################################### ### code chunk number 23: cn.mops.Rnw:352-353 (eval = FALSE) ################################################### ## segplot(resCNMOPS,sampleIdx=13) ################################################### ### code chunk number 24: cn.mops.Rnw:356-359 ################################################### pdf("002.pdf") segplot(resCNMOPS,sampleIdx=13,seqnames="chrA") dev.off() ################################################### ### code chunk number 25: cn.mops.Rnw:378-379 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resCNMOPS,which=1) ################################################### ### code chunk number 26: cn.mops.Rnw:382-385 ################################################### pdf("001.pdf") plot(resCNMOPS,which=1,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 27: cn.mops.Rnw:418-425 (eval = FALSE) ################################################### ## library(cn.mops) ## BAMFiles <- list.files(pattern=".bam$") ## segments <- read.table("targetRegions.bed",sep="\t",as.is=TRUE) ## gr <- GRanges(segments[,1],IRanges(segments[,2],segments[,3])) ## X <- getSegmentReadCountsFromBAM(BAMFiles,GR=gr) ## resCNMOPS <- exomecn.mops(X) ## resCNMOPS <- calcIntegerCopyNumbers(resCNMOPS) ################################################### ### code chunk number 28: cn.mops.Rnw:430-432 ################################################### resultExomeData <- exomecn.mops(exomeCounts) resultExomeData <- calcIntegerCopyNumbers(resultExomeData ) ################################################### ### code chunk number 29: cn.mops.Rnw:435-436 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resultExomeData,which=5) ################################################### ### code chunk number 30: cn.mops.Rnw:439-442 ################################################### pdf("004.pdf") plot(resultExomeData,which=5,toFile=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 31: cn.mops.Rnw:458-461 (eval = FALSE) ################################################### ## #the following removes the "chr" from reference sequence names ## library(GenomeInfoDb) ## seqlevels(gr) <- gsub("chr","",seqlevels(gr)) ################################################### ### code chunk number 32: cn.mops.Rnw:467-469 (eval = FALSE) ################################################### ## gr <- GRanges(segments[,1],IRanges(segments[,2]-30,segments[,3]+30)) ## gr <- reduce(gr) ################################################### ### code chunk number 33: cn.mops.Rnw:482-489 ################################################### resRef <- referencecn.mops(cases=X[,1],controls=rowMeans(X), classes=c("CN0", "CN1", "CN2", "CN3", "CN4", "CN5", "CN6", "CN7","CN8","CN16","CN32","CN64","CN128"), I = c(0.025, 0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 8, 16, 32, 64), segAlgorithm="DNAcopy") resRef <- calcIntegerCopyNumbers(resRef) (cnvs(resRef)) ################################################### ### code chunk number 34: cn.mops.Rnw:506-508 ################################################### XchrX <- normalizeChromosomes(X[1:500, ],ploidy=c(rep(1,10),rep(2,30))) cnvr(calcIntegerCopyNumbers(cn.mops(XchrX,norm=FALSE))) ################################################### ### code chunk number 35: cn.mops.Rnw:522-524 (eval = FALSE) ################################################### ## resHaplo <- haplocn.mops(X) ## resHaplo <- calcIntegerCopyNumbers(resHaplo) ################################################### ### code chunk number 36: cn.mops.Rnw:606-611 (eval = FALSE) ################################################### ## library(cn.mops); data(cn.mops) ## result <- calcIntegerCopyNumbers(cn.mops(XRanges)) ## segm <- as.data.frame(segmentation(result)) ## CNVs <- as.data.frame(cnvs(result)) ## CNVRegions <- as.data.frame(cnvr(result)) ################################################### ### code chunk number 37: cn.mops.Rnw:618-621 (eval = FALSE) ################################################### ## write.csv(segm,file="segmentation.csv") ## write.csv(CNVs,file="cnvs.csv") ## write.csv(CNVRegions,file="cnvr.csv") ################################################### ### code chunk number 38: cn.mops.Rnw:637-638 (eval = FALSE) ################################################### ## toBibtex(citation("cn.mops"))