### R code from vignette source 'bioDist.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadLib ################################################### library("bioDist") data(sample.ExpressionSet) exData = t(exprs(sample.ExpressionSet)) ################################################### ### code chunk number 2: R ################################################### s1 = MIdist(exData) s2 = as.matrix(s1) dim(s2) r1 = mutualInfo(exData) ################################################### ### code chunk number 3: KLD ################################################### kl1 = KLdist.matrix(exData) kl2 = KLD.matrix(exData, method="density", supp=range(exData)) ################################################### ### code chunk number 4: Tau ################################################### eS = sample.ExpressionSet[401:500,] tauD = tau.dist(eS, sample=FALSE) sp = spearman.dist(eS, sample=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: closest ################################################### f1 = featureNames(eS)[1] closest.top(f1, sp, 3) ################################################### ### code chunk number 6: bioDist.Rnw:130-131 ################################################### sessionInfo()