### R code from vignette source 'SigCheck.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### library(breastCancerNKI) data(nki) nki ################################################### ### code chunk number 3: showPhenoData ################################################### varLabels(nki) ################################################### ### code chunk number 4: tDMFS ################################################### nki$t.dmfs ################################################### ### code chunk number 5: eDMFS ################################################### nki$e.dmfs ################################################### ### code chunk number 6: excludeNA ################################################### dim(nki) nki <- nki[,!is.na(nki$e.dmfs)] dim(nki) ################################################### ### code chunk number 7: loadKnown ################################################### library(SigCheck) data(knownSignatures) names(knownSignatures) ################################################### ### code chunk number 8: getVANTVEER ################################################### names(knownSignatures$cancer) vantveer <- knownSignatures$cancer$VANTVEER vantveer ################################################### ### code chunk number 9: showFeatureAnno ################################################### fvarLabels(nki) ################################################### ### code chunk number 10: showSeries ################################################### table(nki$series) ################################################### ### code chunk number 11: sigCheckSurvival ################################################### check <- sigCheck(nki, classes="e.dmfs", survival="t.dmfs", signature=knownSignatures$cancer$VANTVEER, annotation="HUGO.gene.symbol", validationSamples=which(nki$series=="NKI2")) check ################################################### ### code chunk number 12: survivalPval ################################################### check@survivalPval ################################################### ### code chunk number 13: sigCheckAllSurvivalNoeval (eval = FALSE) ################################################### ## nkiResults <- sigCheckAll(check, iterations=1000) ################################################### ### code chunk number 14: loadResults ################################################### data(nkiResults) ################################################### ### code chunk number 15: sigCheckPlotSurvival ################################################### sigCheckPlot(nkiResults) ################################################### ### code chunk number 16: sigCheckPlotSurvivalRes ################################################### names(nkiResults) ################################################### ### code chunk number 17: sigCheckPlotSurvivalPvals ################################################### nkiResults$checkRandom$checkPval nkiResults$checkKnown$checkPval nkiResults$checkPermutedSurvival$checkPval nkiResults$checkPermutedFeatures$checkPval ################################################### ### code chunk number 18: sigCheckHi ################################################### par(mfrow=c(2,2)) p5 <- sigCheck(check, scoreMethod="High",threshold=.5, plotTrainingKM=F)@survivalPval p66 <- sigCheck(check, scoreMethod="High",threshold=.66, plotTrainingKM=F)@survivalPval p33 <- sigCheck(check, scoreMethod="High",threshold=.33, plotTrainingKM=F)@survivalPval p33.66 <-sigCheck(check, scoreMethod="High",threshold=c(.33,.66), plotTrainingKM=F)@survivalPval p5 p66 p33 p33.66 ################################################### ### code chunk number 19: sigCheckSurvivalClass ################################################### check <- sigCheck(check, scoreMethod="classifier") check@survivalPval ################################################### ### code chunk number 20: sigCheckClassifier ################################################### check <- sigCheck(nki, classes="e.dmfs", signature=knownSignatures$cancer$VANTVEER, annotation="HUGO.gene.symbol", validationSamples=which(nki$series=="NKI2"), scoreMethod="classifier") check ################################################### ### code chunk number 21: sigCheckClassifierStats ################################################### check@sigPerformance check@modePerformance check@confusion ################################################### ### code chunk number 22: sigCheckClassify (eval = FALSE) ################################################### ## classifyRandom <- sigCheckRandom(check, iterations=1000) ## classifyKnown <- sigCheckKnown(check) ################################################### ### code chunk number 23: loadClassifyResults ################################################### data(classifyResults) ################################################### ### code chunk number 24: sigClassifyPlot ################################################### par(mfrow=c(1,2)) sigCheckPlot(classifyRandom, classifier=TRUE) sigCheckPlot(classifyKnown, classifier=TRUE) ################################################### ### code chunk number 25: MSigDBNoeval (eval = FALSE) ################################################### ## c6.oncogenic <- read.gmt('c6.all.v5.0.symbols.gmt') ## check.c6 <- sigCheckKnown(check, c6.oncogenic) ## sigCheckPlot(check.c6) ################################################### ### code chunk number 26: multicoreparam ################################################### CoresToUse <- 6 library(BiocParallel) mcp <- MulticoreParam(workers=CoresToUse) register(mcp, default=TRUE) ################################################### ### code chunk number 27: setcores ################################################### options(mc.cores=CoresToUse) ################################################### ### code chunk number 28: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())