### R code from vignette source 'MantelCorrVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### library(MantelCorr) data(GolubTrain) dim(GolubTrain) data <- GolubTrain ################################################### ### code chunk number 2: GetClusters ################################################### kmeans.result <- GetClusters(data, 500, 100) ################################################### ### code chunk number 3: DistMatrices ################################################### DistMatrices.result <- DistMatrices(data, kmeans.result$clusters) ################################################### ### code chunk number 4: MantelCorrs ################################################### MantelCorrs.result <- MantelCorrs(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets) ################################################### ### code chunk number 5: PermutationTest ################################################### permuted.pval <- PermutationTest(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets, 100, 38, 0.05) ################################################### ### code chunk number 6: ClusterList ################################################### ClusterLists <- ClusterList(permuted.pval, kmeans.result$cluster.sizes, MantelCorrs.result) ################################################### ### code chunk number 7: ClusterGeneList ################################################### ClusterGenes <- ClusterGeneList(kmeans.result$clusters, ClusterLists$SignificantClusters, data)