### R code from vignette source 'DNAcopy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DNAcopy.Rnw:74-75 ################################################### library(DNAcopy) ################################################### ### code chunk number 2: DNAcopy.Rnw:78-79 ################################################### data(coriell) ################################################### ### code chunk number 3: DNAcopy.Rnw:85-88 ################################################### CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296), coriell$Chromosome,coriell$Position, data.type="logratio",sampleid="c05296") ################################################### ### code chunk number 4: DNAcopy.Rnw:96-97 ################################################### smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object) ################################################### ### code chunk number 5: DNAcopy.Rnw:105-106 ################################################### segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1) ################################################### ### code chunk number 6: DNAcopy.Rnw:120-121 ################################################### plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="w") ################################################### ### code chunk number 7: DNAcopy.Rnw:129-130 ################################################### plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="s") ################################################### ### code chunk number 8: DNAcopy.Rnw:157-158 ################################################### plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="p") ################################################### ### code chunk number 9: DNAcopy.Rnw:169-172 ################################################### sdundo.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, undo.splits="sdundo", undo.SD=3,verbose=1) ################################################### ### code chunk number 10: DNAcopy.Rnw:177-178 ################################################### plot(sdundo.CNA.object,plot.type="s")