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| argparsing | Argument parsing details |
| bedtools_closest | bedtools_closest |
| bedtools_complement | bedtools_complement |
| bedtools_coverage | bedtools_coverage |
| bedtools_flank | bedtools_flank |
| bedtools_genomecov | bedtools_genomecov |
| bedtools_getfasta | bedtools_getfasta |
| bedtools_groupby | bedtools_groupby |
| bedtools_intersect | bedtools_intersect |
| bedtools_jaccard | bedtools_jaccard |
| bedtools_makewindows | bedtools_makewindows |
| bedtools_map | bedtools_map |
| bedtools_merge | bedtools_merge |
| bedtools_multiinter | bedtools_multiinter |
| bedtools_nuc | bedtools_nuc |
| bedtools_shift | bedtools_shift |
| bedtools_slop | bedtools_slop |
| bedtools_subtract | bedtools_subtract |
| bedtools_unionbedg | bedtools_unionbedg |
| distmode | Compute the mode of a distribution |
| distmode-method | Compute the mode of a distribution |
| do_bedtools_closest | bedtools_closest |
| do_bedtools_complement | bedtools_complement |
| do_bedtools_coverage | bedtools_coverage |
| do_bedtools_flank | bedtools_flank |
| do_bedtools_genomecov | bedtools_genomecov |
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| do_bedtools_groupby | bedtools_groupby |
| do_bedtools_intersect | bedtools_intersect |
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| do_bedtools_map | bedtools_map |
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| do_bedtools_subtract | bedtools_subtract |
| do_bedtools_unionbedg | bedtools_unionbedg |
| pair | Pair up two vectors |
| pair-method | Pair up two vectors |
| R_bedtools_closest | bedtools_closest |
| R_bedtools_complement | bedtools_complement |
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| R_bedtools_unionbedg | bedtools_unionbedg |