### R code from vignette source 'ALLintro.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ALLintro.Rnw:56-59 ################################################### library(ALL) data(ALL) show(ALL) ################################################### ### code chunk number 2: ALLintro.Rnw:62-63 ################################################### print(summary(pData(ALL))) ################################################### ### code chunk number 3: ALLintro.Rnw:64-65 ################################################### hist(cvv <- apply(exprs(ALL),1,function(x)sd(x)/mean(x))) ################################################### ### code chunk number 4: ALLintro.Rnw:66-71 ################################################### ok <- cvv > .08 & cvv < .18 fALL <- ALL[ok,] show(fALL) allx2 <- data.frame(t(exprs(fALL)), class=ALL$BT) ################################################### ### code chunk number 5: ALLintro.Rnw:73-77 ################################################### library(rpart) rp1 <- rpart(class~.,data=allx2) plot(rp1) text(rp1)