### R code from vignette source 'tsp.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: tsp.Rnw:55-58 ################################################### library(tspair) data(tspdata) dim(dat) ################################################### ### code chunk number 2: tsp.Rnw:66-68 ################################################### tsp1 <- tspcalc(dat,grp) tsp1 ################################################### ### code chunk number 3: tsp.Rnw:75-77 ################################################### tsp2 <- tspcalc(eSet1,grp) tsp3 <- tspcalc(eSet1,1) ################################################### ### code chunk number 4: tsp.Rnw:84-85 ################################################### tspplot(tsp1) ################################################### ### code chunk number 5: tsp.Rnw:95-98 ################################################### out <- tspsig(dat,grp,B=50,seed=12355) out$p out$nullscores ################################################### ### code chunk number 6: tsp.Rnw:106-107 ################################################### summary(tsp1,printall=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: tsp.Rnw:112-114 ################################################### predict(tsp1,eSet2) predict(tsp1,dat2) ################################################### ### code chunk number 8: tsp.Rnw:121-133 ################################################### narrays <- ncol(dat) correct.prediction <- rep(TRUE,narrays) for(i in 1:narrays){ testdat <- dat[ , -i] testgrp <- grp[-i] tsptest <- tspcalc(testdat,testgrp) prediction <- predict(tsptest,dat)[i] correct.prediction[i] <- prediction == grp[i] } cv.error <- mean(correct.prediction==FALSE) cv.error