### R code from vignette source 'keggorth.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkkog ################################################### library(keggorthology) library(graph) data(KOgraph) KOgraph nodes(KOgraph)[1:5] ################################################### ### code chunk number 2: lkr ################################################### adj(KOgraph, nodes(KOgraph)[1]) ################################################### ### code chunk number 3: lkpa ################################################### library(RBGL) sp.between(KOgraph, nodes(KOgraph)[1], "PPAR signaling pathway") ################################################### ### code chunk number 4: lkta ################################################### nodeData(KOgraph,,"tag")[1:5] ################################################### ### code chunk number 5: lkde ################################################### nodeData(KOgraph,,"depth")[1:5] ################################################### ### code chunk number 6: lkd ################################################### getKOtags("insulin") ################################################### ### code chunk number 7: lkp ################################################### library(hgu95av2.db) mp = getKOprobes("Methionine") library(ALL) data(ALL) ALL[mp,] ################################################### ### code chunk number 8: lksi ################################################### sessionInfo()