### R code from vignette source 'clusterStab.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: clusterStab.Rnw:105-114 ################################################### library(clusterStab) library(genefilter) library(fibroEset) data(fibroEset) exprs(fibroEset) <- log2(exprs(fibroEset)) filt <- cv(0.1, Inf) index <- genefilter(fibroEset, filt) fb <- fibroEset[index,] bh <- benhur(fb, 0.7, 6, seednum = 12345) #seednum only used to ensure reproducibility ################################################### ### code chunk number 2: clusterStab.Rnw:129-130 ################################################### hist(bh) ################################################### ### code chunk number 3: clusterStab.Rnw:145-146 ################################################### plot(hclust(dist(t(exprs(fibroEset[index,])))), labels = pData(fibroEset)[,2], sub="", xlab="") ################################################### ### code chunk number 4: clusterStab.Rnw:162-164 ################################################### plot(hclust(dist(t(exprs(fibroEset[index,])))), labels = pData(fibroEset)[,2], sub="", xlab="") ecdf(bh) ################################################### ### code chunk number 5: clusterStab.Rnw:176-178 ################################################### cmp <- clusterComp(fb, 2) cmp