### R code from vignette source 'SDAMS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: quick start (eval = FALSE) ################################################### ## library("SDAMS") ## data("exampleSumExp") ## results <- SDA(exampleSumExp) ################################################### ### code chunk number 2: directory (eval = FALSE) ################################################### ## path1 <- "/path/to/your/feature.csv/" ## path2 <- "/path/to/your/group.csv/" ################################################### ### code chunk number 3: GetDirectory ################################################### directory1 <- system.file("extdata", package = "SDAMS", mustWork = TRUE) path1 <- file.path(directory1, "ProstateFeature.csv") directory2 <- system.file("extdata", package = "SDAMS", mustWork = TRUE) path2 <- file.path(directory2, "ProstateGroup.csv") ################################################### ### code chunk number 4: CsvInput ################################################### library("SDAMS") exampleSE1 <- createSEFromCSV(path1, path2) exampleSE1 ################################################### ### code chunk number 5: Accessors ################################################### head(assay(exampleSE1)[,1:10]) head(colData(exampleSE1)$grouping) ################################################### ### code chunk number 6: MatrixInput ################################################### set.seed(100) featureInfo <- matrix(runif(800, -2, 5), ncol = 40) featureInfo[featureInfo<0] <- 0 rownames(featureInfo) <- paste("feature", 1:20, sep = '') colnames(featureInfo) <- paste('subject', 1:40, sep = '') groupInfo <- data.frame(grouping=matrix(sample(0:1, 40, replace = TRUE), ncol = 1)) rownames(groupInfo) <- colnames(featureInfo) exampleSE2 <- createSEFromMatrix(feature = featureInfo, colData = groupInfo) exampleSE2 head(assay(exampleSE2)[,1:10]) head(colData(exampleSE2)$grouping) ################################################### ### code chunk number 7: resultsForGamma ################################################### results <- SDA(exampleSE1) head(results$gamma) head(results$pv_gamma) head(results$qv_gamma) ################################################### ### code chunk number 8: resultsForBeta ################################################### head(results$beta) head(results$pv_beta) head(results$qv_beta) ################################################### ### code chunk number 9: resultsFor2part ################################################### head(results$pv_2part) head(results$qv_2part) ################################################### ### code chunk number 10: outputForFeatureName ################################################### head(results$feat.names) ################################################### ### code chunk number 11: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())