### R code from vignette source 'howtoprocess.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: bslnoffSingle ################################################### library(PROcess) fdat <- system.file("Test", package="PROcess") fs <- list.files(fdat, pattern="\\.*csv\\.*", full.names=TRUE) f1 <- read.files(fs[1]) fcut <- f1[f1[,1]>0,] bseoff <-bslnoff(fcut,method="loess",plot=TRUE, bw=0.1) title(basename(fs[1])) ################################################### ### code chunk number 2: isPeakSingle ################################################### pkgobj <- isPeak(bseoff,span=81,sm.span=11,plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: specZoom ################################################### specZoom(pkgobj, xlim=c(5000,10000)) ################################################### ### code chunk number 4: rmBaselineBatch ################################################### testdir <- system.file("Test", package = "PROcess") testM <- rmBaseline(testdir) ################################################### ### code chunk number 5: renorm ################################################### rtM <- renorm(testM, cutoff=1500) ################################################### ### code chunk number 6: getPeaksBatch ################################################### peakfile <- paste(tempdir(), "testpeakinfo.csv", sep = "/") getPeaks(rtM, peakfile) ################################################### ### code chunk number 7: QC ################################################### qualRes <- quality(testM, peakfile, cutoff=1500) print(qualRes) ################################################### ### code chunk number 8: pk2bmkr ################################################### bmkfile <- paste(tempdir(), "testbiomarker.csv", sep = "/") testBio <- pk2bmkr(peakfile, rtM, bmkfile) mzs <- as.numeric(rownames(rtM)) matplot(mzs, rtM, type = "l", xlim = c(1000, 10000), ylab="intensities", main="proto-biomarkers") bks <- getMzs(testBio) print(round(bks)) abline(v = bks, col = "green") ################################################### ### code chunk number 9: overallMean ################################################### grandAve <- aveSpec(fs) mzs <- grandAve[,1] ################################################### ### code chunk number 10: bslnoffRawMean ################################################### grandOff <- bslnoff(grandAve[mzs>0,], method="loess", plot=T, bw=0.1) ################################################### ### code chunk number 11: RawMeanPeak ################################################### grandPkg <- isPeak(grandOff[grandOff[,1]>1500,], zerothrsh=1, plot=T, ratio=0.1) grandpvec <- round(grandPkg[grandPkg$peak, "mz"]) print(as.vector(grandpvec)) ################################################### ### code chunk number 12: getPeaks2 ################################################### grandBmk <- getPeaks2(rtM, grandpvec)