### R code from vignette source 'PANR-Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: setup ################################################### library(PANR) data(Bakal2007) ################################################### ### code chunk number 3: dimBakal2007 ################################################### dim(Bakal2007) ################################################### ### code chunk number 4: newbm ################################################### bm1<-new("BetaMixture", pheno=Bakal2007, metric="cosine", model="global", order=1) ################################################### ### code chunk number 5: bm1show ################################################### bm1 ################################################### ### code chunk number 6: fitNULL (eval = FALSE) ################################################### ## bm1<-fitNULL(bm1, nPerm=10, thetaNULL=c(alphaNULL=4, betaNULL=4), ## sumMethod="median", permMethod="all", verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: fitBM (eval = FALSE) ################################################### ## bm1<-fitBM(bm1, para=list(zInit=NULL, thetaInit=c(alphaNeg=2, ## betaNeg=4, alphaNULL=bm1@result$fitNULL$thetaNULL[["alphaNULL"]], ## betaNULL=bm1@result$fitNULL$thetaNULL[["betaNULL"]], ## alphaPos=4, betaPos=2), gamma=NULL), ## ctrl=list(fitNULL=FALSE, tol=1e-1), verbose=TRUE, gradtol=1e-3) ################################################### ### code chunk number 8: loadBM1 ################################################### data(bm) ################################################### ### code chunk number 9: viewNULLfitting ################################################### view(bm1, "fitNULL") ################################################### ### code chunk number 10: viewBMfitting ################################################### view(bm1, "fitBM") ################################################### ### code chunk number 11: printBM ################################################### summarize(bm1, what="ALL") ################################################### ### code chunk number 12: inferFullPAN ################################################### pan<-new("PAN", bm1=bm1) pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)), filter=FALSE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: buildPAN ################################################### data(Bakal2007Cluster) pan<-buildPAN(pan, engine="RedeR", para=list(nodeColor=nodeColor, hideNeg=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 14: visualFullPAN (eval = FALSE) ################################################### ## library(RedeR) ## viewPAN(pan, what="graph") ################################################### ### code chunk number 15: searchpvmodule (eval = FALSE) ################################################### ## library(pvclust) ## options(cluster=makeCluster(4, "SOCK")) ## pan<-pvclustModule(pan, nboot=1000, metric="cosine", hclustMethod= ## "average", filter=TRUE, verbose=TRUE, r=c(5:12/7)) ## if(is(getOption("cluster"), "cluster")) { ## stopCluster(getOption("cluster")) ## options(cluster=NULL) ## } ################################################### ### code chunk number 16: sigmodules (eval = FALSE) ################################################### ## inds<-sigModules(pan,pValCutoff=0.01, minSize=3, ## maxSize=100, sortby="pval", decreasing=FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: visualpvmodule (eval = FALSE) ################################################### ## viewPAN(pan,what="pvclustModule", moduleID=inds) ################################################### ### code chunk number 18: visualnestedpvmodule (eval = FALSE) ################################################### ## viewNestedModules(pan,pValCutoff=0.05,minSize=3,maxSize=100) ################################################### ### code chunk number 19: printPAN ################################################### summarize(pan, what="graph") ################################################### ### code chunk number 20: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())