### R code from vignette source 'LMGene.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LMGene.Rnw:49-52 ################################################### library(LMGene) library(Biobase) library(tools) ################################################### ### code chunk number 2: LMGene.Rnw:56-57 ################################################### data(sample.eS) ################################################### ### code chunk number 3: LMGene.Rnw:62-67 ################################################### slotNames(sample.eS) dim(exprs(sample.eS)) exprs(sample.eS)[1:3,] phenoData(sample.eS) slotNames(phenoData(sample.eS)) ################################################### ### code chunk number 4: LMGene.Rnw:79-83 ################################################### data(sample.mat) dim(sample.mat) data(vlist) vlist ################################################### ### code chunk number 5: LMGene.Rnw:87-89 ################################################### test.eS<-neweS(sample.mat, vlist) class(test.eS) ################################################### ### code chunk number 6: LMGene.Rnw:103-105 ################################################### tranpar <- tranest(sample.eS) tranpar ################################################### ### code chunk number 7: LMGene.Rnw:112-114 ################################################### tranpar <- tranest(sample.eS, 100) tranpar ################################################### ### code chunk number 8: LMGene.Rnw:124-128 ################################################### trsample.eS <- transeS(sample.eS, tranpar$lambda, tranpar$alpha) exprs(sample.eS)[1:3,1:8] exprs(trsample.eS)[1:3,1:8] ################################################### ### code chunk number 9: LMGene.Rnw:136-138 ################################################### tranparmult <- tranest(sample.eS, mult=TRUE) tranparmult ################################################### ### code chunk number 10: LMGene.Rnw:143-145 ################################################### trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha) exprs(trsample.eS)[1:3,1:8] ################################################### ### code chunk number 11: LMGene.Rnw:150-152 ################################################### tranparmult <- tranest(sample.eS, ngenes=100, mult=TRUE, lowessnorm=TRUE) tranparmult ################################################### ### code chunk number 12: LMGene.Rnw:158-160 ################################################### tranpar <- tranest(sample.eS, model='patient + dose + patient:dose') tranpar ################################################### ### code chunk number 13: LMGene.Rnw:178-180 ################################################### trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha) ntrsample.eS <- lnormeS (trsample.eS) ################################################### ### code chunk number 14: LMGene.Rnw:186-187 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS) ################################################### ### code chunk number 15: LMGene.Rnw:192-193 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS,level=.01) ################################################### ### code chunk number 16: LMGene.Rnw:202-204 ################################################### sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS, model='patient+dose+patient:dose') sigprobes