### R code from vignette source 'annHeatmap.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: annHeatmap.Rnw:44-45 ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: setup01 ################################################### require(Biobase) data(sample.ExpressionSet) exdat = sample.ExpressionSet ################################################### ### code chunk number 3: setup02 ################################################### require(limma) design1 = model.matrix( ~ type, data=pData(exdat)) lm1 = lmFit(exprs(exdat), design1) lm1 = eBayes(lm1) geneID = rownames(topTable(lm1, coef=2, num=100, adjust="none", p.value=0.05)) length(geneID) ################################################### ### code chunk number 4: setup03 ################################################### exdat2 = exdat[geneID,] ################################################### ### code chunk number 5: regHeatmap1 ################################################### require(Heatplus) reg1 = regHeatmap(exprs(exdat)) plot(reg1) ################################################### ### code chunk number 6: regHeatmap2 ################################################### reg2 = regHeatmap(exprs(exdat2), legend=2, col=heat.colors, breaks=-3:3) plot(reg2) ################################################### ### code chunk number 7: regHeatmap3 ################################################### corrdist = function(x) as.dist(1-cor(t(x))) hclust.avl = function(x) hclust(x, method="average") reg3 = regHeatmap(exprs(exdat2), legend=2, dendrogram = list(clustfun=hclust.avl, distfun=corrdist)) plot(reg3) ################################################### ### code chunk number 8: regHeatmap4 ################################################### reg4 = regHeatmap(exprs(exdat2), legend=3, dendrogram=list(Col=list(status="hide"))) plot(reg4) ################################################### ### code chunk number 9: annHeatmap1 ################################################### ann1 = annHeatmap(exprs(exdat), ann=pData(exdat)) plot(ann1) ################################################### ### code chunk number 10: annHeatmap2 ################################################### ann2 = annHeatmap(exprs(exdat2), ann=pData(exdat2), cluster=list(cuth=5000)) plot(ann2) ################################################### ### code chunk number 11: annHeatmap3 ################################################### ann3 = annHeatmap(exprs(exdat2), ann=pData(exdat2), cluster=list(cuth=7500, label=c("Control-like", "Case-like"))) plot(ann3) ################################################### ### code chunk number 12: setupX1 ################################################### SE = apply(get("se.exprs", assayData(exdat2)), 1, median) ################################################### ### code chunk number 13: setupX2 ################################################### CO = cor(t(exprs(exdat2)), pData(exdat2)$score) df = nrow(exdat2)-2 TT = sqrt(df) * CO/sqrt(1-CO^2) PV = 2*pt(-abs(TT), df=df) ################################################### ### code chunk number 14: setupX3 ################################################### require(hgu95av2.db) allGO = as.list(mget(featureNames(exdat2), hgu95av2GO)) isTransElong = sapply(allGO, function(x) "GO:0006414" %in% names(x)) ################################################### ### code chunk number 15: setupX4 ################################################### annFeatures = data.frame(standard.errors=SE, sigCorScore=PV<0.05, isTransElong) ################################################### ### code chunk number 16: annHeatmap4 ################################################### ann4 = annHeatmap2(exprs(exdat2), ann=list(Col=list(data=pData(exdat2)), Row=list(data=annFeatures))) plot(ann4) ################################################### ### code chunk number 17: annHeatmap5 ################################################### ann4a = annHeatmap2(exprs(exdat2), ann=list(Col=list(data=pData(exdat2)), Row=list(data=annFeatures)), labels=list(Row=list(nrow=7), Col=list(nrow=2))) plot(ann4a) ################################################### ### code chunk number 18: annHeatmap6 ################################################### ann4b = annHeatmap2(exprs(exdat2), ann=list( inclRef=FALSE, Col=list(data=pData(exdat2)), Row=list(data=annFeatures) ), labels=list(Row=list(nrow=7), Col=list(nrow=2))) plot(ann4b, widths=c(2,5,1), heights=c(2,5,1)) ################################################### ### code chunk number 19: annHeatmap7 ################################################### ann1 = convAnnData(pData(exdat2), inclRef=FALSE)[, 3:1] colnames(ann1) = c("Score", "isControl", "isMale") ann2 = convAnnData(annFeatures, inclRef=FALSE)[, 3:1] colnames(ann2) = c("isTranslationalElongation", "isCorrelated", "SE") ann4c = annHeatmap2(exprs(exdat2), ann=list(asIs=TRUE, Col=list(data=ann1), Row=list(data=ann2)), labels=list(Row=list(nrow=7), Col=list(nrow=2))) plot(ann4c)